核盘菌(Sclerotiniasclerotiorum)是重要植物病原真菌,在我国,由该病原菌引起的菌核病是油菜上的首要病害。菌核是核盘菌的一种无性的休眠结构,抗逆性强,在土壤中存活时间长,在菌核病病害循环中发挥了至关重要的作用。系统研究核盘菌菌核形成和致病过程的分子机理对于菌核病的防治具有重要的理论意义和实践应用价值。利用Solexa测序技术获得了核盘菌在菌丝生长过程、致病诱导条件下、菌核形成起始阶段、菌核菌丝萌发初期、菌核子囊柄萌发初期和子囊柄6个不同发育时期或组织的数字表达谱,共获得了9956个基因的表达情况(约占核盘菌预测基因个数的68.6%),并对这些基因的表达模式进行了聚类分析。参照Audic和Claverie(1997)建立的数字化基因表达谱差异基因检测方法,利用严格的算法筛选两样本间的差异表达基因,在菌核形成和致病过程中分别筛选到1493个和1433个上调表达基因,570个和658个下调基因。为了从整体上了解这些基因的功能,利用GO数据库和InterPro数据库对核盘菌的全基因组序列进行了全面的注释并对差异表达基因进行了GO功能富集分析和基因家族以及功能域归类。结果表明,在菌核形成和致病过程中差异表达基因出现成员最多的蛋白质家族几乎都是一样。