亚洲玉米螟[Ostrinia furnacalis(Guenée)]和欧洲玉米螟[O.strinia nubilalis(H(u|¨)bner)]是世界上为害玉米的重要害虫。欧洲玉米螟起源于欧洲、非洲和亚洲交界的地中海地区,扩散到中亚,到达乌兹别克斯坦和中国新疆地区,在20世纪传播到美洲。亚洲玉米螟主要分布于从中国东北、日本到澳大利亚北部地区。在1988年以前,我国新疆伊犁地区的玉米螟只有欧洲玉米螟。但是近些年,亚洲玉米螟进入伊犁地区,并建立了种群。我国新疆伊犁地区是目前所知的世界上唯一的两种玉米螟同域发生的地域。我们在玉米上采集了新疆11个种群的玉米螟,使用SNP和SSR的方法进行基因型分析。使用线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)进行种的鉴定,使用COⅠ和COⅡ序列单倍型数据对母系遗传进行分析。结果表明,亚洲玉米螟和欧洲玉米螟在线粒体单倍型和基因型上具有较大差异。根据SNP共祖率Q值,和NewHybrid运算结果,表明伊犁地区的部分样品与亚洲玉米螟和欧洲玉米螟具有很高的共祖率,新疆其他地区种群均为亚洲玉米螟且与欧洲玉米螟没有共祖率。笔者同样也运用内切酶的直接证据检测出杂交个体。实验结果证明我国新疆伊犁地区从霍城、察布查尔、伊宁、尼勒克和新源地区为亚洲玉米螟和欧洲玉米螟混生区,且以亚洲玉米螟为优势种群。新疆北部的乌鲁木齐、奇台和玛纳斯,新疆南部的喀什、莎车和和田均为亚洲玉米螟。当亚洲玉米螟与欧洲玉米螟相遇后,杂交是一种普遍的现象,亚洲玉米螟种群的基因会渗入欧洲玉米螟种群。