紫芝栽培新品种研究Ⅰ.rRNA基因簇及ITS序列比对分析

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紫芝栽培新品种‘武芝2号’(紫芝S2,英文名:Zizhi S2)是从福建省野生种质资源人工驯化选育而来的,已经形成大规模的栽培(年产量达300吨以上)。基于基因组水平,采用RNAmmer v1.2进行rRNA基因预测分析,发现在‘武芝2号’(紫芝S2)G. duroporaZizhi S2基因组中第49号支架(Scaffold49,248,648bp)上4套rRNA基因簇(18s,28s和5s rRNA),而在紫芝基因组G.sinenseZZ0214-1(GenBank:AYKW00000000.1)上仅比对上部分rRNA基因(5s和28s rRNA)。针对G.duroporaZizhi S2基因组,采用Barrnap v0.9软件分析证实在Scaffold49上存在的rRNA基因簇是4套完整的(18s,28s,5.8s和5s rRNA)。‘武芝2号’(紫芝S2)的ITS序列(MG282563.1,649 bp)与已知5个紫芝菌株ITS序列(voucher Wei 5327KF494998.1、strain XZ-G-C1HQ235633.1、strain XZ-G-C2HQ235634.1和strain GDGM25829KC415760.1)在线BLAST比对相似度高达99.79%,并与其中的G. sinense strain zizhi(KT906369.1,649pb)完全一致(均包含18S rRNA gene, partial sequence;ITS1, 5.8S rRNA gene, ITS2, complete sequence, 28S rRNA gene, partial sequence);此外,ITS序列聚类分析结果,‘武芝2号’G. duroporaZizhi S2MG282563.1与紫芝G. sinense strain ZizhiKT906369.1的遗传距离相同,在系统进化树上相聚成一类,可以视为同属1个复合种或大种群。
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