黑鹳为世界性濒危鸟类,国家一级保护动物,新疆是黑鹳的重要繁殖地和主要迁徙通道之一.新疆黑鹳种群主要分布在几条较大的河流水系附近，常在河流较为平缓的河床、河漫滩地带、水库或沿河两边的林间湿地活动，在巴音布鲁克湿地则在据公路较远的开阔的草甸沼泽觅食活动。调查中在福海县、布尔津县、哈巴河县、托里县、精河县、和静县等发现记录黑鹳实体及黑鹳巢，拍摄记录了大量影像资料，获得黑鹳数量分布、栖息地、巢址等信息。新疆地区仍有一部分数量的黑鹳繁殖，但数目稀少，调查发现，一些适合黑鹳生存的生境，存在栖息地丧失、人为干扰严重等至危因素。尤其水资源的过度利用，使河道干枯、湿地面积减少，栖息丧失严重。需继续加强对黑鹳栖息地的保护，减少因为水资源过度利用所导致的栖息地丧失及距离过近的人为施工影响，对于已知的黑鹳繁殖地应加以保护以减少人为干扰。