黄瓜花叶病毒病（CMV）是辣椒生产中最严重的病害之一,选育抗CMV的辣椒品种是解决CMV危害最为经济有效的手段。辣椒对CMV的抗性多数受数量遗传控制,通过传统育种手段转育抗原和选育抗性品种的效率较低,利用分子标记辅助选择手段能够加快育种工作的进程,因此对辣椒抗CMV性状进行分子定位及连锁标记开发对辣椒抗病育种具有重要的现实意义和应用前景。研究中以筛选出的抗CMV辣椒自交系BJ0747-1-3-1-1为父本,感CMV辣椒种质XJ0630-2-1-2-1-1为母本,应用SLAF-seq（specific length amplified fragment sequencing）技术,对双亲本及1 95个F₂单株进行高通量测序、标记开发、高密度分子遗传图谱的构建及抗CMV相关QTL定位,为辣椒抗CMV分子辅助选择育种奠定了基础。供试材料为父本BJ0747-1-3-1-1（抗CMV）、母本XJ0630-2-1-2-1-1（感CMV）,195个F₂代单株作图群体及其F_2:3家系群体;CMV病毒株系CMV-HB-iz。辣椒基因组DNA提取采用CTAB法;高密度分子遗传图谱的构建应用SLAF-seq技术;进行F_2:3家系群体的接种、病情分级与调查,QTL定位应用MapQTL6.0软件,采用区间作图方法。结果如下:1.通过HaeⅢ进行酶切,共获得1 596.59 M reads数据;通过生物信息分析,共得到885 499个SLAF标签;进一步进行多态性和分析分析,共14 601个SLAF标签用于遗传图谱构建;最终构建了一张包括12个连锁群,总长度为1785.46 cM的分子遗传连锁图谱,图谱包括12 727个标记,平均标记密度为0.16 cM,亲本测序平均深度104.05×,子代测序平均深度28.95×。2.应用MapQTL 5.0软件,共检测到3个与辣椒抗CMV性状相关的QTL,qcmv11.1、qcmv11.2和qcmv12.1,表型变异为7.3%¹9.2%。其中,qcmv11.1位于辣椒P1 1染色体两个Marker5510971^Marker5227451之间2.05 cM的区间内,应用新构建的高密度分子遗传图谱,显著缩小了抗性QTL的区间;而qcmv11.2和qcmv12.1为两个新的与抗CMV性状相关的QTL。