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益生菌在水产上的应用前景广阔。随着对水产品的需求量不断增加，对抗生素替代品的研发程度也在增加。将益生菌应用于水产领域，大大减轻了养殖场环境管理的压力，因而吸引越来越多的关注，商业化应用越来越普及用。新生的益生菌筛选技术结合体内试验，也使益生菌的范围不断扩大。成功获得新奇的益生菌，依赖于对养殖物种消化道微生物生态学的深人理解(从结构到功能)。