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本研究以云南26种有毒植物为实验材料,利用宏基因组测序技术结合纯培养分离方法探究有毒植物内生放线菌及根际土放线菌多样性。根据纯培养分离放线菌抗菌效果筛查、检测功能基因,以便开发保护有毒植物内生放线菌资源。箭毒木、八角枫、马缨丹中细菌的16SrRNA基因V4区使用IlluminaHiSeq PE250的双末端测序。3种植物样本得到204352条有效数据,近1795个OTUs。3种有毒植物的内生细菌包含已知的21个门以及暂定的RsaHF231、WD272门共计257个属。其中放线菌34个属,箭毒木为17、八角枫和马缨丹均为30。通过α多样性分析发现八角枫和马缨丹的样本内微生物多样性比箭毒木更丰富、均匀,进行β多样性分析发现八角枫与马缨丹内生细菌群落结构较为相似,而与箭毒木的差异较为显著。还研究了有毒植物内生放线菌纯培养分离方法,发现NaClO和Naa2S2O3配合使用可提升内生放线菌的分离率;利用匀浆机将植物组织磨碎加入焦磷酸钠富集培养之后涂布接种,有利于内生菌与培养基充分接触;使用含有植物成分纤维素、木聚糖当作碳源,氨基酸当作氮源的培养基分离效果较好。26种有毒植物获得249株内生放线菌,而且稀有放线菌多样性丰富。6种有毒植物根际土获取142株放线菌,大都是链霉菌。有毒植物毒性程度会影响内生放线菌定殖数量,毒性强烈植物内生放线菌最少。气候、环境因素及人为影响造成不同生境的同种植物内生放线菌的群落结构组成差异显著。本地特有植物可当作内生放线菌探究重点。通过抗菌活性筛选,发现除植物内生放线菌中链霉菌的抗菌效果普遍比根际土放线菌好外,植物稀有放线菌也能强烈抑制某些致病菌。发现功能基因检测呈阳性的菌株大都具备较好的抗菌活性,但具体相关机制有待进一步对放线菌的基因组测序分析才能确定。本研究表明,宏基因组测序和纯培养分离相配合能更客观的了解有毒植物内生放线菌的多样性,通过抗菌活性筛选与检测功能基因能有效选出具备潜在开发价值的放线菌资源,为探究放线菌生物活性、放线菌与宿主植物间代谢作用机制奠定基础。