医药行业是我国经济的重要组成部分，是传统产业和现代产业相结合的产业，对保护和增进人民健康、提高生活质量，促进经济发展和社会进步有着十分重要的作用。我国医药产业经过多年的努力，取得了令人瞩目的成就。“十二五”期间，国家非常重视新药的开发，加大新药研发阶段经费的投入，正式启动重大新药创新体制专项，完善以创新药物为核心、能力建设为基础的新药研制平台的建设，增强我国医药工业自主研发能力和持续创新能力，研制一批拥有市场竞争力和知识产权的新药，实现我国医药行业由仿制药品为主，向自主研发创新为主以及创新和仿制相结合的战略方式转变，缩小与世界先进水平的差距。制药行业是21世纪典型的高新技术产业，新药开发不但具有高新技术产业的高技术性特征，还蕴含风险高、投入高、周期长和收益高等特点，为了甄别出成长性好，投资回报高的优质项目，科学的、精准的新药开发的项目评价至关重要，而评价的依据是指标。由于影响评价新药开发项目的因素是纷繁复杂的，因此需要将评价新药开发项目的多项指标加以汇集，得到一个综合评价信息的指标，以此来反映新药开发项目的整体情况。本文根据新药开发特征，建立适合新药开发的指标评价体系并选择可行的评价模型，全面地评价开发的效果，为我国制药企业评价新药开发效果，判断是否需要推行该项目的必要性，做出正确地项目决策。合理配置新药开发各阶段所需的资源，节约开发所需的成本，为保持制药企业核心竞争力提供指导。本文在新药开发项目研究的文献基础之上，分析当前新药开发项目的不足和了解国内制药企业新药开发项目评价的实际情况，通过划分新药开发项目的各个阶段，从新药开发项目自身独特的特点入手，明确新药开发项目立项阶段，研发阶段和产业化阶段的主要内容，对新药开发项目进行全面地、全过程的系统研究，选取各阶新药开发项目效果的评价指标，进而建立一套有效、可行综合全面的新药开发项目评价指标体系，并且基于该评价指标体系选择灰色关联度的模糊多属性决策模型对新药开发项目做出评价，以此来提高新开发项目的决策水平。