生态环境损害赔偿制度是政府作为赔偿权利人主动追究赔偿义务人即污染企业或个人的生态环境损害赔偿责任,并以生态环境损害赔偿磋商制度作为前置程序,由此来推动生态环境损害问题的解决的生态环境损害救济机制。生态环境损害赔偿磋商制度是指,在生态环境损害发生后,政府及其部门作为赔偿权利人主动与污染企业或个人即赔偿义务人就生态环境损害案件中损害调查、鉴定评估、修复方案等工作进行磋商,以期达成一致的协议并有效填补受损的生态环境的救济机制。作为我国生态环境领域制度创新的体现,生态环境损害赔偿磋商制度有别于传统民法领域意思自治的民事法律行为,其目的上的公益性以及手段上的协商性决定了政府作为赔偿权利人在磋商制度中的主导性,也体现了生态环境领域传统行政管理行为向公共治理的转化趋势。目前我国生态环境损害赔偿磋商制度运行中的磋商参与主体、程序和相关保障措施的规定及其运行情况直接影响着受损生态环境的修复效果。2015年《生态环境损害赔偿制度改革试点方案》确定在七个试点地方展开生态环境损害赔偿制度的探索。2018年生态环境损害赔偿制度在全国范围内试行,各省、直辖市、自治区关于赔偿磋商制度的实践与探索呈现出不同的样态,各地方结合自身特点进行了不同的制度设计,最终也导致了各地磋商制度运行与现行法律体系契合程度不一,也导致各地磋商制度社会效果不一。目前我国各地方的赔偿方案以及专门性磋商办法存在一系列适用困境,主要表现为磋商制度中磋商主体的范围存在争议、磋商协议效力的认定标准不统一、磋商程序规定较为笼统、磋商制度的运行缺乏有效的监督以及磋商制度与诉讼衔接的规定亟需完善等。这些制度性的缺失问题不仅与现行规范体系相左,也不利于生态环境损害赔偿磋商制度在全国范围内的适用。对此,在对生态环境损害赔偿磋商制度法律性质进行界定的基础上,需要围绕以上问题来探究磋商制度的实体、程序以及磋商制度配套的相关保障措施的完善。生态环境损害赔偿制度的确立,给行政机关行使生态环境监管权、维护生态环境公共利益提供了新路径,故应把握磋商制度“协商行政”的法律性质定位,准确理解磋商协议作为“行政契约”的根本性质,在协商行政的视角下认清磋商制度在救济方式上的本质特征。同时,应当对各地生态环境损害赔偿磋商制度相关的规范文本与实践案例进行归纳总结,探究我国生态环境损害赔偿磋商制度的完善进路,并以合法、平等自愿、效率、公众参与等基本原则作为基础,一方面在磋商制度实体上明确磋商主体的具体范围、细化磋商协议的具体内容,另一方面对磋商制度程序的启动以及公告程序作出细化规定,赋予赔偿义务人对鉴定评估报告异议的权利并依据鉴定评估报告划分磋商时限,同时对磋商次数及终止的情形进行限制。此外,还应当对磋商中赔偿权利人的处分权作出一定限制,完善磋商协议的执行机制,协调磋商制度与其他诉讼制度的冲突,确保社会公众的生态环境权益在磋商制度中不受侵害,保障受损生态环境获得有效救济与填补。