我国农业生产和发展面临着农业基础设施建设薄弱和生态环境恶化等现实,这些都是农业可持续发展战略下公共财政要解决的问题。农业综合开发作为政府公共财政投资支持农业的一个重要手段,在改善农业生产条件、提高农业综合生产能力、保护生态环境等方面已经发挥了重要作用。2010年中央1号文件“推动资源向农村配置”中明确要求未来要继续加大国家对农业农村的投入力度,并继续增加现代农业生产发展资金和农业综合开发资金规模。然而,当前农业财政项目投资一方面被政府及学者强烈关注的同时,却忽视了政府农业财政项目投资的分配效率。一些学者和政府决策部门研究发现,当前我国农业综合开发项目投资分配不合理,尤其是地区分布上农业综合开发项目往往偏向经济相对发达地区,而项目社会经济效益最大的经济欠发达地区却无法获得项目投资的需求。那么,研究农业综合开发项目资金的分配行为和机制就成为评价农业综合开发项目分配政策评价的一个重要研究课题。本研究以南京市为例,利用南京市农业综合开发项目投资及调查数据,通过分析农业综合开发项目效率与地区经济发展水平之间的关系以及农业综合项目在不同地区的分布,反映政府在农业综合开发项目资金分配中的行为偏好,并进一步揭示政府农业综合开发项目资金分配的机制及影响分配行为和绩效的内在机理。与以往研究不同的是,本研究将对国家级农业综合开发项目和市级(地方级)农业综合开发项目分别进行研究,中国的财政分权体制在相当大程度上塑造了地方政府的行为模式,中央政府和地方政府在行为偏好上存在差异,这也必将影响到公共产品的供给模式和效果。最终,本文将提出改善农业综合开发项目资金分配机制、促进农业综合开发项目资金合理分配的政策建议。首先,本研究利用层次分析法构建不同级别农业综合开发项目的绩效评价指标体系,分析农业综合开发投资绩效与地区经济发展水平的关系,反映中央政府和地方政府在公共产品供给资金分配中的行为差异。结果发现：(1)国家土地治理项目投资绩效存在较大差异,投资绩效评价得分与项目区农业人口年均收入水平存在负相关关系,这说明中央政府农业综合开发项目能够兼顾效率和公平的政策目标；同时,国家土地治理项目财政费用效果比与项、目区农业人口年均收入水平存在不显著的正相关关系,这在一定程度上说明中央政府农业综合开发项目的资金使用效率在欠发达地区更高。(2)市级特色农业基地项目投资绩效评价得分与项目区农业人口年均收入进行相关分析,结果发现两者存在正相关关系,说明将市级特色农业基地项目投资到经济发展水平较高的地区,其投资绩效相对较高,这一方面反映了地方政府公共产品供给领域的差异,也反映了地方政府偏好于提供更少资金却能获得更多政绩的公共产品。同时,本文进一步分析农业综合开发资金分配的地区差异,本研究发现,不同类型农业综合开发项目在地区分布存在差异,具体表现如下：(1)国家级土地治理项目中,随着项目区中低产田面积的增加,国家土地治理项目财政投资分配较多；项目资金分配会向农业人口收入低的区域倾斜,这有利于降低地区收入差距。可以发现国家土地治理项目投资分配具有合理性,既保证了农业生产条件落后地区,尤其是中低产田面积较大地区获得更多的农业综合开发项目资金,又符合支持经济落后地区经济发展的要求。(2)市级特色农业基地项目投资中,项目投资数量与项目区农业人口年纯收入为正,地方政府存在农业项目投资偏向,偏向将较多的农业项目投资分配到经济发达地区而不是经济落后地区,这样能够取得更多的政绩。如果考虑到一些地区可能长时间不断立项实施农业综合开发项目,那么这种投资偏向导致的差距将更大。另外,本研究还发现农业综合开发投资在区县分布上具有地区偏向性,会偏向经济发展水平较高的地区,而不是偏向经济发展水平较低的地区。造成这种结果的主要原因则是地方政府农业综合开发项目的资金分配机制存在一定的不合理性,农业综合开发项目投资中需要地方财政配套资金和自筹资金的压力,导致经济发展水平落后地区由于无法提供配套资金而降低了农业综合开发项目的获取。最终,基于本研究的结论,本文提出以下政策建议：(1)作为农业基础设施建设和农业生产条件改善的国家土地治理项目,政府应该继续将较多的投资投入经济落后地区,尤其要保持地区投资平衡。(2)经济发展水平较高地区可以适当引进市级特色农业基地项目,但是考虑到市级财政能力应该降低逐步上级财政扶持力度、增加其配套资金的比例,同时为缩小乡镇农业发展差距应该适当对落后乡镇进行投资。(3)改革现有的农业综合开发资金分配机制,基于资金配套要求的财政约束,农业综合开发投资应该对经济发达和欠发达地区的财政配套比例区别界定,形成有利于经济欠发达地区的财政配套比例并保证多获取农业综合开发项目的扶持。