新三板市场自最初在我国几大高新科技园区试点推广至今,已经发展成为我国挂牌公司最多的交易市场。新三板市场也为我国众多初创型中小企业、高科技企业提供了更为多样的融资渠道。然而,在新三板市场高速发展的同时暴露的问题也日趋凸显。根据2015年末相关数据统计,我国新三板市场近8000家挂牌公司中,有1600余家公司未履行任何决策程序的情况下存在非经营性资金占用行为,并且绝大多数为无偿占用。其中,实际控制人无偿占用的比例最高。为了规避监管,往往资金占用的手段越来越隐蔽,想要单纯依靠监管部门的单一监督管理往往难度较大。如何从外部制度建设、行政部门监督管理,内部公司治理、管理层行为规范等角度防范和解决新三板挂牌公司资金占用的问题,对整个新三板市场的持续稳定发展具有十分重要的现实意义。本文拟通过对S公司实际控制人资金占用案例研究,对新三板挂牌公司S公司实际控制人资金占用的手段、动机和原因分析,并且对实际控制人发生资金占用违规行为暴露前后三个完整的会计年度财务指标进行纵向对比研究,同时与新三板同行业公司的财务指标均值进行横向对比研究,分析S公司资金占用产生的经济后果和外部影响。通过分析,本文根据现阶段市场环境和实际控制人资金占用的动机和原因出发,提出新三板公司防范资金占用相应的外部管理建议,同时提出对于公司自身防范资金占用的内部管理建议。