分子动力学模拟是指对于原子核和电子所构成的多体系统,其中每一原子核被视为在全部其他原子核和电子所提供的经验势场作用下按牛顿定律运动,进而得到体系中的粒子的运动轨迹,再按照统计物理的方法计算得出物质的结构和性质等。本论文主要是研究咖啡因、安定、脱氢胆酸以及前列腺素E1四种药物分别和β-环糊精及其衍生物(麦芽糖-β-环糊精、羟丙基-β-环糊精)形成的复合物在水溶液体系中的分子动力学模拟(molecular dynamics simulation, MD)的相互比较,从而找出适合不同分子结构的药物分子药物运输载体。本课题运用了目前最常用的分子动力学模拟软件——GROMACS,应用GROMOSS 96力场模拟了20 ns,还使用了很多辅助分析计算软件,如Accelrys viewerpro、Matlab、Chemdraw、Origin等。通过对于每种药物和三种环糊精形成的不同的复合物体系模拟,对于每个体系进行了作用能、均方根偏差、构象变化、氢键、径向分布函数以及二面角等数据的分析。结果表明β-环糊精作为药物载体有局限性,对于这四种药物来说,只适合咖啡因这样没有支链的小分子；麦芽糖-β-环糊精作为药物载体适当的选择药物,在本研究中,只有安定分子和前列腺素E1分子适用这样的药物载体；而羟丙基-β-环糊精可以作为这四种药物的药物载体,无论在能量、稳定性及其其他数据均有很好的效果。