玉米SNAC基因的耐旱优异等位变异发掘

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干旱是全世界范围内对粮食作物生产负影响最大的非生物因素。每年由于干旱造成的损减大于其它非生物胁迫例如盐碱、高温、低温等造成的损减总和。作为全生育期需水量较大的作物,玉米对干旱胁迫尤为敏感。因此,发掘耐旱相关基因优秀等位变异,培育耐旱性更高的品种,提高在干旱胁迫下的玉米产量在实际生产中具有重大意义。本研究采用具有广泛遗传基础的210份玉米自交系构成关联分析群体,使用第一代桑格测序的技术,对基因组中的SNAC家族基因进行克隆及测序。采用候选基因关联分析(Candidate-gene association analysis)和t检验的方法,发掘与玉米耐旱性显著关联的SNP和InDel位点及具备耐旱优势的优异等位变异,根据分析结果发掘出优秀的耐旱等位变异和单体型。为采用分子育种手段改良玉米耐旱性提供理论基础。主要研究结果如下:1对玉米SANC家族基因ZmNAC070395,ZmNAC030295,ZmNAC020303进行了深度测序并排除了频率低于10%的多态性位点。在ZmNAC070395中共检测出33个变异位点,其中包括25个SNP和8个InDel;在ZmNAC030295中共检测出68个变异位点,其中包括41个SNP和27个InDel;在ZmNAC020303中共检测出9个变异位点,全部都是SNP。2利用TASSEL 5.0软件分别对玉米SANC家族基因ZmNAC070395,ZmNAC030295,ZmNAC020303进行了连锁不平衡分析,以上基因均存在连锁不平衡情况,且程度较高。3利用TASSEL 5.0软件中MLM模型对候选基因进行关联分析,在ZmNAC070395发现15个显著性位点,包含13个SNP和2个InDel;在ZmNAC030295发现了1个显著性位点,这个位点是SNP;利用t检验在ZmNAC020303发现了6个显著性位点,全部都是SNP。4结合实验室前期研究,筛选出15个在显著性位点上具有优异等位变异的自交系。t检验结果表明15个自交系在干旱胁迫下的农艺性状显著高于其余自交系,验证了研究结果的准确性。
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