随着现代经济的发展，现代化支付系统顺应而生。现代化支付系统是支付清算体系的重要组成部分，是改进支付清算体系的重要的核心的支持系统。目前，中国现代化支付系统业务覆盖全国所有省、自治区和直辖市，提供实时全额支付清算服务、净额支付清算服务、支付管理信息服务。为了更好地在商业银行资金清算中应用现代化支付系统，本文以某商业银行为例，具体分解了大额实时支付系统、小额批量支付系统及全国支票影像交换系统支付清算的业务流程和账务处理。分析了现代化支付系统在商业银行应用中存在的问题及原因，并提出了相应地解决对策。其中，又重点研究了现代化支付系统应用中存在的各类风险问题，针对流动性风险、法律风险、道德风险、操作风险、技术风险、信用风险，以及可能导致的系统性风险问题的形成和原因，详细提出了防范措施。