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目的：评价血浆游离DNA浓度和完整性作为生物标志物在胃癌和结直肠癌应用的临床意义。建立一种PCR联合耐高温限制性内切酶构成的体外基因型转换系统，采用PIK3CA基因E545K和H1047R突变测试体系，验证此基因型转换系统方法的可行性。 方法：提取40例健康对照、73例胃癌患者(0期2名，I期17名，II期11名， III期33名，IV期10名)和90例结直肠癌患者(0期5名，I期27名，II期26名，III期25名，IV期7名)血浆游离DNA。用2对引物扩增相对较长的和相对较短的两种Alu片段，以Alu长片段和短片段的比值作为计算血浆游离DNA完整性的指标。 构建PIK3CA基因E545K和H1047R野生型质粒模板和突变型质粒模板。将PIK3CA基因野生型质粒与突变型质粒按照野生比突变(W:T)=10:1,100:1,1000:1,10000:1的比例混合，模拟人类早期肿瘤时血游离核酸中突变型基因片段较少而野生型基因片段较多的临床情形。在有耐高温限制性内切酶存在的情况下进行 PCR扩增。使野生型基因片段被限制性内切酶消化；而突变型基因片段由于突变位点位于酶切位点，不能被限制性内切酶消化，从而被大量扩增。此外，利用新建立的方法对40例结直肠癌患者的血浆游离 DNA样品进行 PIK3CA基因E545K和H1047R突变的检测。 结果：III期和IV期胃癌患者血浆游离DNA浓度高于健康对照(P=0.028，0.029)。从健康对照组中区分出III期和IV期胃癌的受试者工作特征曲线（receiver operating characteristic curve，ROC曲线）下面积0.744(95％可信区间为：0.64-0.85)。术后3周内血浆游离DNA浓度增加，术后3个月血浆游离DNA浓度下降至术前水平以下。 结直肠癌患者血浆游离DNA浓度高于健康对照。在结直肠癌患者中，IV期患者血浆游离DNA浓度高于0-III期结直肠癌患者(P=0.049)。血浆游离DNA浓度鉴别0-III期与 IV期结直肠癌的ROC曲线下面积0.725(95%可信区间为：0.547-0.902)。I、II期结直肠癌患者血浆游离DNA完整性低于健康对照(P=0.007,0.029)。术后3周内血浆游离DNA浓度增高，术后3个月血浆游离DNA浓度下降至术前水平以下。 PCR联合耐高温限制性内切酶构成的体外基因型转换体系中,纯野生型基因片段的PCR产物可以被限制性内切酶酶切,而突变型基因片段的PCR产物不能被限制性内切酶酶切。测序结果证实体外基因型转换体系中突变型基因片段获得了大量扩增,可以从野生突变10000:1的混合模板中检测出突变模板。40例结直肠癌患者的肿瘤组织标本中，1例有PIK3CA基因H1047R突变，未检测出PIK3CA基因E545K突变。利用PCR联合限制性内切酶方法检测与组织标本配对的血浆游离DNA，3例血浆标本有H1047R突变，未检测出E545K突变。 结论：血浆游离DNA浓度是预测胃癌进展、结直肠癌复发转移风险及监测胃肠道肿瘤负荷变化的有希望的分子标志物。 PCR联合耐高温限制性内切酶构成的体外基因型转换系统检测 PIK3CA基因H1047R和 E545K突变的敏感性高、经济。新的突变检测方法对肿瘤早期筛查，靶向药物筛选，肿瘤预后预测具有一定的实际应用价值。