植物内生菌（Endophyte）是生活在健康植物各组织器官的细胞间隙或细胞内部,并与宿主植物建立起共生关系的一类微生物。作为植物微生态系统的重要组成部分,内生菌定殖于植物体内,构筑了宿主植物的健康屏障。内生菌次生代谢产物是植物内生菌拮抗病原菌的主要方式之一。前期研究发现马铃薯内生菌具有较好的拮抗马铃薯病原菌活性。本文主要对优选菌株Trichothecium crotocinigenum拮抗病原菌的物质基础进行研究。利用正相硅胶、反相硅胶、凝胶Sephadex LH-20等分离材料结合中压制备（MPLC）和高效液相制备（HPLC）等多种分离手段,并通过核磁共振(包括¹H NMR和¹³C NMR,HSQC,HMBC,COSY,ROESY)、高分辨质谱（HRMS）、紫外、红外、电子圆二色谱（ECD）、X-晶体衍射等波谱分析方法,从马铃薯内生真菌T.crotocinigenum发酵提取物中共分离鉴定得到55个化合物,其中新化合物25个,新颖骨架的化合物3个。化合物类型涉及单端孢霉烯类倍半萜、混源萜、Sativene型倍半萜及其他类型成分等。新颖骨架化合物1和新化合物2、3是具有新桥环系统的单端孢菌素,新颖骨架化合物（±）-18是具有新颖的6/6-5/5/5稠环系统。采用平板对峙法初步测定了马铃薯内生真菌T.crotocinigenum对4种马铃薯病原菌（马铃薯晚疫病、早疫病、黑痣病、枯萎病）的抑制作用。结果显示:内生真菌T.crotocinigenum对4种马铃薯病原真菌均显示出不同程度的抑菌活性。因此,我们把分离得到化合物对4种马铃薯病原菌进行了初步抑菌活性筛选,活性研究显示,化合物1、2和（±）-18均显示出对A.solani和F.oxysporum的抑制活性,最小抑菌浓度MIC分别为16、32、8、8和32、16、16、16 ug/mL。本研究论文通过研究马铃薯内生真菌及其次生代谢产物的抗菌活性来发现新型的抗生素类化合物,其研究内容为从马铃薯内生菌中寻找新型、安全的天然抗菌剂提供了一定的参考方法和物质基础。此外,本文还对药用植物红毛七的化学成分进行了研究,从中分离得到10个化合物,其中4个新化合物。这部分工作在论文中以附录的形式论述。