种质资源是新品种选育的基础,也是现代农业科技创新的源头。薏苡是一种粮、药、兼饲用的优良禾本科作物,在我国分布范围广,种质类型多,表型差异大。然而,薏苡遗传多样性的系统研究却相对较少。本试验利用主要农艺性状和InDel分子标记对174份薏苡种质材料的遗传多样性进行了研究,主要结果如下:（1）对薏苡株高、开花期和总苞颜色等20个主要农艺性状的统计分析结果显示,群体材料间具有较高的遗传多样性。各性状的变异系数在9.2～55.0%之间,平均值为26.96%,其中总苞颜色最高,生育期最低;多样性指数（H′）在4.74～5.15之间,平均值为5.10,其中分蘖数、开花期和生育期三者的最高,主茎节数最低。相关性分析结果显示,20个主要农艺性状间多存在显著（P<0.05）或极显著（P<0.01）的相关性。采用主成分分析法,最终提取出了4个主成分因子,累计贡献值为67.436%。（2）根据20个主要农艺性状的表型特征,对群体材料的亲缘关系进行了划分,结果显示,在遗传距离为23.5时可将全部材料划分成两大类,其中第Ⅰ类群有91份,第Ⅱ类群有83份。同时,利用均匀分布于薏苡全基因组的220对InDel标记,从分子水平上对群体材料的遗传关系进行了聚类分析。在遗传相似系数为0.567时,将174份薏苡材料同样划分成了2大类。其中第Ⅰ类群有82份材料,第二类群有92份材料,遗传相似系数在0.524～0.997之间,大部分材料的表型聚类与分子聚类结果基本一致。（3）利用18对多态性良好的InDel引物进行组合,可将174份薏苡材料全部区分开,用这18对引物与供试材料电泳结果的“1、0”数据,绘制了薏苡材料的第一份InDel指纹图谱,并进一步将36位的“1、0”二进制代码转换成了简洁的十进制代码,给每一份薏苡材料赋予了独一无二的“分子身份”。