现代系统思想和方法应用到了各个科学领域和实践中，取得了可喜的成果，极大地改变了人们的思维方式。系统是现代系统科学研究的主要对象，研究系统内部结构以及与环境的关系是系统理论的基本内容。现代系统科学也为生态哲学提供了重要的科学基础。“老三论”包括系统论、信息论和控制论。随后出现了“新三论”，它们分别是混沌理论、突变论和协同论。“老三论”和“新三论”分别从不同的视角研究系统。“老三论”直接或间接地来源于生态系统理论。系统论、信息论和控制论共同揭示了系统整体性和相关性。整体性是系统的基本特性，系统论主要研究系统的整体性问题。控制论的控制和反馈机制与信息论的信息传递原理完善了系统的整体性，揭示了机体的联系方式和演化机理。生态系统中的内部结构和外部环境为系统研究提供了基础。系统相关性是系统生成、发展和演化的动力基础，揭示了系统产生，发展和演化的机制。“新三论”从总体上探索事物的复杂性。生态系统无论从内部组成要素上，还是从外部环境来看，都是非常复杂的系统。因此，运用“新三论”的方法从整体上认识和研究生态的内在机制有着重要的意义。混沌理论的出现对生态系统的研究产生了革命性的影响，揭示了生态系统中多样性的内在动因，阐明了生态系统的运行本质。协同学的核心是协同进化，其内在本质肯定了每一个个体生态位，也就肯定了每一个体的内在价值。突变理论揭示了生态系统的创造力。“新三论”为生态哲学提供了重要的科学基础。