效率是商业银行竞争力的集中体现，合理地估计银行效率水平和正确地识别影响效率水平的原因是改善银行经营业绩的重要决策依据，因而对银行效率的测算和对银行效率影响因素的分析具有十分重要的理论和实际意义。本文首先运用数据包络分析(EDA)方法，对中国商业银行1994-2008年的真实效率做出了合理的测算和评价；然后分别应用静态和动态面板模型对影响中国商业银行效率的各种可能因素进行了检验和分析；最后应用似无关回归(SUR)模型对三个效率最低的银行的效率影响因素进行了分析。研究结果表明：(1)中国商业银行的效率水平在1994-2008的15年间总体上呈上升的趋势，股份制商业银行的平均效率高于国有商业银行。(2)物价水平、银行市场结构、所有权结构、创新能力和治理能力对商业银行的效率影响最为显著，银行效率和银行规模正相关的观点遭到质疑。(3)银行的当期效率对下期的治理能力、创新能力等有可能产生影响，银行的效率水平具有传递效应。(4)农业银行的效率水平与其产权性质、贷存比率和治理费用率负相关；兴业银行的效率水平与治理费用率负相关，与创新能力和资产占有率正相关；广发银行的效率水平与资产收益率正相关，而与贷存比率和治理费用率负相关。