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研究背景宏基因组二代测序(Metagenomic next generation sequencing,mNGS)是对样本中的总DNA或RNA进行测序后再通过生物信息分析软件全面鉴定细菌、病毒、真菌、寄生虫等病原体,它提供的是一种无偏的分析方法,理论上可识别所有序列已知的病原体。2014年Wilson等报道了 mNGS检测用于诊断严重联合免疫缺陷症患者钩体病的案例,正式开启了 mNGS检测临床应用的大门。2015年Perlejewski等及2016年Guan等报道了 mNGS检测在诊断中枢神经系统病毒感染中的应用。2016年Yao等报道了 mNGS检测在诊断李斯特杆菌性脑膜脑炎的应用。2018年He等报道了 mNGS检测用于诊断免疫功能低下患者的创伤弧菌感染。此外,2017年Salzberg等在一项招募了 11名可疑中枢神经系统(Central nervous system,CNS)感染患者的小型队列研究中,脑组织和脊髓的活检也成功地应用到了 mNGS技术。2018年,一项对99例小儿细菌性脑膜炎患者脑脊液mNGS结果的回顾性分析,发现有10种不同的细菌病原体。同年,一项针对511个来自感染性疾病患者的样本的大型前瞻性研究表明,mNGS技术对病原体的敏感性高于病原体培养,且其结果受抗生素使用影响较小。2018年Fan等报道了 mNGS在神经型布鲁氏菌病及神经型囊尾蚴病诊断中的应用。2018年Ai等将肝组织和外周血样本同时进行mNGS检测,最后诊断了局部肝结核。研究方法mNGS技术在临床上应用广泛,越来越多的病例报道证明了其在感染性疾病诊断中所发挥的重要作用,但其在结核性脑膜炎(Tuberculous meningitis,TBM)诊断中的应用尚不清楚。目前临床上用于诊断TBM的方法有:脑脊液细菌培养、抗酸染色、PCR检查、Xpert MTB/RIF法、mNGS检测等,脑脊液结核分枝杆菌培养是TBM诊断的金标准,但最快也需要两到四周才有结果。然而,mNGS检测在TBM患者诊断中的应用研究甚少。本中心自2015到2018年共送检130例脑脊液mNGS检测标本,其中患者最终为结核性脑膜炎的共17例,因此本文回顾分析了这17例TBM患者的mNGS和常规检测方法的结果,并以细菌性脑膜炎、隐球菌性脑膜炎以及病毒性脑膜脑炎患者为mNGS阳性对照,以自身免疫性脑炎一例为mNGS阴性对照,来进行mNGS与常规检测方法敏感度、特异度等的比较。结果mNGS检测结果中显示的结核分枝杆菌复合群(Mycobacteriumtuberculosis complex,MBTC)包括结核分枝杆菌(M.tuberculosis)、非洲分枝杆菌(M.africanum)、牛分枝杆菌(M.bovis)、坎那分枝杆菌(M.canettii)。mNGS检测结果阳性病例共发现13例,其中有12例检出结核分枝杆菌复合群。结核性脑膜炎的传统检测方法包括:脑脊液结核分枝杆菌培养、抗酸染色和PCR检查。其中,结核分枝杆菌培养结果阳性1例,PCR结果阳性3例,抗酸染色阳性8例,有4个病例mNGS检测阴性而抗酸染色结果为阳性,一个患者最终诊断为TBM合并隐球菌性脑膜炎。结论mNGS 比传统检测方法更敏感,mNGS检测与抗酸染色联合应用可提高中枢神经系统感染性疾病的检出率。本研究提示mNGS检测可促进脑脊液中MTB的识别,并可作为临床疑诊TBM的常规诊断方法。