由于水资源分布的不均衡性,我国跨流域调水建设工程较多,输水隧道建设里程也在增长,越来越多的输水隧道工程不可避让的需要穿越自然保护区,对保护区生态环境造成诸多影响,因此,关于输水隧道穿越自然保护区生态环境影响评价研究十分必要。本文通过分析输水隧道生态环境影响特点以及自然保护区生态保护要求,首先探讨了生态环境影响评价方法,其次建立了输水隧道穿越自然保护区生态环境影响评价指标体系,最后以输水隧道穿越湖北五道峡自然保护区为例,进行了生态环境影响评价。主要得到以下研究成果:（1）根据自然保护区建设项目准入原则及相关法规,同时分析输水隧道环境影响特点,为输水隧道穿越自然保护区生态环境影响评价提供依据。（2）科学选取指标,建立输水隧道穿越自然保护区生态环境影响评价指标体系。指标体系包括生物系统影响与非生物系统影响两大类。其中生物系统影响有3个指标,非生物系统有6小类16个指标。（3）对输水隧道穿越五道峡自然保护区生态环境影响评价区域进行了现场调查。评价区域有维管植物有119科297属432种,其中蕨类植物19科27属41种;裸子植物4科6属7种;被子植物96科264属384种。属于国家重点保护野生植物只有野大豆1种。自然植被群落类型划分为3个植被型组,3个植被型,7个群系。人工植被群落类型可以分为2个群落。评价区分布的野生动物有39科70种,其中国家级重点保护野生动物1种,有湖北省重点保护野生动物30种。（4）通过对比分析,采用层次分析法与模糊评价法相结合的方法对输水隧道穿越五道峡自然保护区生态环境影响进行评价。综合评价值为0.3944,判断其为轻度影响。其中生物系统影响评价值为0.0307,占总的分值7.78%,非生物系统影响评价值为0.3637,占总分值的92.22%。相比较而言,输水隧道工程对保护区生物系统影响极小,对非生物系统影响较大,特别是对保护区地下水位生态环境效应影响最大。（5）为了减缓输水隧道穿越五道峡自然保护区对生态环境的影响,提出了工程勘探、施工期以及运营期环境管理与监测建议。