棉花为纺织工业提供原料，主导是天然纤维。在我国，棉花育种进程随着人们生活水平的改善也发生了相应的改变，棉纤维品质就是重要的关注点之一。通过常规育种，产量和纤维品质性状要同时改善已很困难。分子标记技术的出现为高效率育种提供了可能，首先要构建饱和连锁遗传图谱，并且定位数量性状基因座(quantitative trait locus，QTL)。目前已构建的遗传图谱（种内、种间）基因组覆盖率较低，定位的QTL数量少且不稳定。因此，构建出覆盖全基因组高密度遗的传图谱，并鉴定出QTL变的相对重要。　　以实验室前期所构建的(新海21和新陆中36的正反交)F2代遗传图谱为基础，利用新获取的SSR引物，对遗传图谱进行标记加密，并做纤维品质性状QTL定位研究，主要结果如下:　　1、通过海岛棉和陆地棉做正反交，对测得的田间农艺性状和纤维品质数据分析，表明在这两群体中，纤维品质性状的绒长和比强度，分别与田间农艺性状的株高和衣分表现负相关性，进一步验证了前人的结果;在两群体的关联分析中纺纱指数和比强度，马克隆值和成熟度各为制约对方的最主要因素。表明棉花在育种过程中，纤维品质的改良，会受到这两对品质性状因素的影响。　　2、对两个亲本及正反交的F1代进行多态性的引物筛选，不同系列的引物表现的结果不同。选择加密所需要的SSR引物1100对，共筛选出107对，其中BNL系列和NAU系列的引物表现的多态性较高，在制作遗传图上BNL系列与NAU系列所占比较大，分别达到了78％和67.4％。　　3、以新海21作母本和新陆中36杂交的F2群体用完备区间作图构建连锁群达到39个，命名为LG1至LG39，包含124个标记，2个标记的平均距离为31.3cM，全长3881.74cM，覆盖棉花基因组的88.2％，共涉及14条染色体。以新陆中36做母本和新海21杂交的F2群体构建的图谱有17个连锁群，命名为lg1至lg17，包含了54个标记，标记间平均距离30.1cM，全长1586.22 cM，覆盖棉花基因组36.1％，涉及8条染色体。　　4、采用ICIM分别对正反交两个群体纤维品质性状进行QTL定位，检测的QTL与纤维长度相关，HL12群体有4个解释表型变异10.4～24.5％; LH12群体有2个，解释表型变异11.9～19.4％。检测的QTL与比强度相关，在HL12群体中有3个，解释表型变异8.4～12％。LH12群体有1个，解释表型变异13.6％。检测的QTL与马克隆值相关，HL12群体有4个，解释表型变异10.5～18.8％;LH12群体有1个，解释表型变异17.6％。检测的QTL与伸长率相关，HL12群体有4个，解释表型变异11.2～37.3％; LH12群体有1个，解释表型变异6.8％。检测的QTL与整齐度相关，HL12群体有3个，1个源于新陆中36，2个源于新海21，解释表型变异10～12.5％; LH12群体有1个，解释表型变异12.0％。