高校科研活动承担着将科研资源转化为多种科研产出的社会资源转换功能,高校科研领域的全面提升是促进我国科技创新能力的重要手段。我国高校科研资源稀缺、科研投入不足,科研活动呈现出粗放式的发展模式,科研投入产出效率却不高,区域发展差距较大。在此背景下,科学客观地评价我国高校投入产出科研效率,合理利用有限的科研资源,有效提高高校科研效率,有利于提高我国科技创新水平。本文分别从宏观层面和微观层面入手研究我国高校科研投入产出效率。在宏观层面,首先运用DEA方法从综合技术效率、纯技术效率、规模效率和规模收益等角度全方位评价我国2014年各省市自治区的高校科研投入产出效率,再运用Malmquist指数比较东部、中部和西部地区2003-2012年的科研效率变动趋势并分析原因。在微观层面,同样运用DEA方法全方位评价我国2014年75所高校的科研投入产出效率,并分析不同高校类型、不同地理位置的高校科研效率差异,再运用K-Means聚类方法对75所高校的科研投入资源进行聚类分析,为科研投入产出效率较低的高校提供提高效率的相对实际的参考标准。本文分析了科研资源配置和高校科研活动两个阶段存在的问题,并在此基础上提出相应的建议和措施,为国家、教育主管部门和高校制定分配科研资源、利用科研资源的政策提供理论和操作策略,提高我国高校科研投入产出的效率。