有研究表明,长白山区的猪苓与陕西等地区的猪苓差异较大,纯培养条件下的长白山猪苓与陕西猪苓菌丝体的培养特性也有很大不同,为阐明长白山猪苓与陕西猪苓菌丝体间的基因表达特征,利用Illumina测序技术对长白山猪苓与陕西猪苓菌丝体的6份样品进行转录组测序,并对两种菌丝体的差异表达基因进行了比较分析。通过对转录组原始数据进行数据质控共得到133662个Transcript和20999个Unigene。差异表达分析结果表明与陕西猪苓菌丝体相比,长白山猪苓菌丝体共有5881个表达差异基因出现,其中上调基因有2616个,下调基因有3265个。差异基因GO注释分类表明,在细胞组分中,差异表达基因主要分布在膜、膜部分、细胞、细胞部分和细胞器;分子功能中,差异表达基因主要与催化活性、结合有关;而在生物学过程中,主要与代谢过程和细胞过程有关。差异表达基因差异表达基因KEGG分类表明,差异表达基因主要涉及到碳水化合物代谢,翻译,氨基酸代谢,脂质代谢,运输和分解代谢,信号转导,折叠、分拣和降解等。Pathway显著性富集分析结果表明,核苷酸切除修复、碱基切除修复途径、植物-病原互作代谢途径在长白山猪苓菌丝体中全部下调表达,氨基糖和核苷酸糖代谢、甘氨酸,丝氨酸和苏氨酸的代谢、淀粉和蔗糖代谢、溶酶体相关代谢途径中的基因在长白山猪苓菌丝体中基本下调表达,表明长白山猪苓菌丝体生长发育初期细胞代谢水平不如陕西猪苓菌丝体旺盛。通过对氨基糖和核苷酸糖与果糖和甘露糖的代谢通路进行分析,发现在氨基糖和核苷酸糖代谢通路中共涉及到28个基因产物,与其相关的Unigene共有49条,其中有13条差异基因参与到8个基因产物的代谢过程中。其中有2条上调基因参与了几丁质酶和磷酸葡萄糖突变酶的合成;11条下调基因编码了几丁质酶、几丁质合酶、己糖胺酶、N-乙酰氨基葡萄糖-6-磷酸脱乙酰酶、UTP--葡萄糖-1-磷酸尿酸转移酶、磷酸甘露糖突变酶和GDP-L-岩藻糖合酶。在果糖和甘露糖代谢相关的Unigene共有28个,涉及到20个基因产物,其中有4条差异基因参与到8个基因产物的代谢过程中。有2条上调基因参与编码了醛还原酶和果糖二磷酸醛缩酶Ⅱ类;2条下调基因分别编码了磷酸甘露糖突变酶和GDP-L-岩藻糖合酶。