胰腺癌相关抗原的筛选鉴定及其诊断模型的构建

来源 :郑州大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:jeeryf
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
胰腺癌是一种恶性度极高的消化道肿瘤,在所有常见癌症中预后较差,对人类健康构成了严重的威胁。由于胰腺癌早期症状隐匿,且目前临床上应用于胰腺癌的诊断标志物特异度低,90%的患者确诊时已处于晚期。因此,寻找高灵敏度及特异度的肿瘤标志物对胰腺癌的诊断具有重要的意义。近年来,随着免疫细胞及炎症因子在肿瘤微环境中不断被发现、机体免疫系统监视和杀伤癌细胞的作用逐渐被揭示,癌症免疫疗法迅速兴起,肿瘤相关抗原(Tumor associated antigens,TAAs)在癌症诊断及治疗中的作用逐渐被发现。肿瘤相关抗原是一种细胞癌变过程中表达显著增高的抗原分子。肿瘤相关抗原的筛选及鉴定,是癌症免疫诊断的重要途径。基于生物信息学技术,利用已经筛出的肿瘤相关抗原初步构建胰腺癌诊断模型,对胰腺癌诊断具有一定的临床应用价值。目的1.利用SMART技术构建中国人群胰腺癌组织cDNA表达文库,为胰腺癌相关抗原的筛选提供平台。2.基于SEREX(Serological analysis of recombinant cDNA expression library)技术筛选并鉴定胰腺癌相关抗原,为胰腺癌标志物的探索奠定理论基础。3.结合生物信息学及机器学习技术构建胰腺癌诊断模型并评价模型诊断性能,为胰腺癌诊断提供理论依据。方法1.应用SMART技术构建中国人群胰腺癌组织cDNA表达文库:(1)文库构建:从两例新发胰腺癌患者组织中提取Total RNA并合成第一链cDNA。使用Long Distance(LD)-PCR技术进行cDNA扩增,将纯化后的cDNA片段与λTripl Ex2噬菌体载体进行连接。(2)质量鉴定:通过计数培养皿中独立克隆的数量计算文库滴度,使用PCR及琼脂糖凝胶电泳技术检测插入片段的大小及重组率。2.胰腺癌相关抗原的筛选及鉴定:(1)制备大肠杆菌裂解液并对5例胰腺癌患者混合血清进行预吸收;采用血清免疫学技术筛选中国人群胰腺癌组织cDNA表达文库。经过三轮免疫筛选后挑出阳性克隆。(2)孵育阳性克隆并进行PCR扩增,PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳分析,根据电泳结果排除假阳性克隆。(3)对阳性克隆的PCR产物进行测序,使用Blast及Gene网站进行序列比对并鉴定各阳性克隆对应的胰腺癌相关基因及其编码蛋白的功能。3.基于生物信息学及机器学习技术构建胰腺癌诊断模型并评价模型诊断性能:(1)经GEPIA网站分析筛选到的胰腺癌相关抗原在基因水平上的差异表达。使用单因素方差分析(One-way ANOVA)方法分析编码36个胰腺癌相关抗原的基因在胰腺癌与健康对照组间m RNA表达量之间的差异。(2)应用机器学习技术构建胰腺癌诊断模型并评价模型诊断性能基于差异基因进行模型构建,样本来源于TCGA、GTEx、ICGC数据库。将样本以7:3随机分为训练集与验证集,结合机器学习及十折交叉验证方法在训练集中构建诊断模型,在验证集中对模型诊断性能进行评价。根据模型在训练集与验证集中的准确率、灵敏度及特异度最终确定出最优模型。4.统计分析采用R语言进行,P<0.05认为差异具有统计学意义。结果1.基于SMART技术构建中国人群胰腺癌组织cDNA表达文库:提取2例胰腺癌组织的Total RNA,进行RNA电泳,发现总RNA均有明显的28S、18S、5S条带,且28S与18S亮度比接近2:1。纯化后Total RNA OD260/280为1.97,在1.7-2.1之间。纯化后的cDNA为连续拖影分布,无特异条带。构建的中国人群胰腺癌组织cDNA表达文库滴度为3×107pfu/mL;文库的插入片段最小约400 bp,最大约2,000 bp,重组率接近100%。2.基于SEREX技术筛选鉴定胰腺癌相关抗原:(1)通过三轮血清免疫学筛选共发现96个阳性克隆经琼脂糖凝胶电泳分析,排除24个假阳性克隆(载体中无插入片段),最终共72个阳性克隆进行测序。(2)经Blast及Gene网站序列比对鉴定发现:72个阳性克隆为43个不同的基因,其中36个为已知功能基因,7个为未知功能基因。36个已知功能基因中:4个基因与组蛋白调控有关;11个基因与细胞的增殖、侵袭、黏附、分化有关;6个基因与胰岛素调控及脂质代谢有关;15个基因与蛋白代谢、调控、修饰、结合相关。3.基于生物信息学及机器学习技术构建胰腺癌诊断模型并评价模型诊断性能:(1)基于SEREX技术筛选的36个肿瘤相关抗原中,有21个抗原的m RNA表达量在病例组与对照组间存在差异表达,癌症组均高于对照组,其差异均具有统计学意义(P<0.05)。(2)应用穷举组合及十折交叉验证特征性选择方法从21个基因中筛选出CKS2、ERGIC2、NQO1、SGTB、EIF2AK2及PAM 6个模型基因并以此构建了支持向量机(SVM)、随机森林(RF)、朴素贝叶斯(NB)、神经网络(NN)等四种诊断模型。在训练集中各模型准确率均超过97%,其中RF模型的准确率、灵敏度、特异度分别为100.00%;在验证集中各模型准确率均超过96.00%,其中RF模型准确率为98.88%,灵敏度为97.53%,特异度达到100.00%。结论1.本研究通过SMART技术成功构建了中国人群胰腺癌组织cDNA表达文库,该文库的质量满足SEREX技术筛选肿瘤相关抗原的要求。2.经SEREX技术筛选到36个胰腺癌相关抗原,其中21个基因m RNA表达量在胰腺癌与健康对照组间存在差异表达(P<0.05)。3.以CKS2、ERGIC2、NQO1、SGTB、EIF2AK2、PAM模型变量成功构建了准确率超过96.00%的胰腺癌诊断模型,其中RF为模型诊断性能最佳,对胰腺癌临床诊断提供了重要的参考价值。
其他文献
目前,计算机辅助诊断(Computer-aided Diagnosis,CAD)技术在处理医学影像数据中展现出巨大的潜力。影像组学作为主要的CAD技术,以无创检查、定量分析为优势,通过高通量提取影像特征,为肿瘤的诊断和预后提供更多有价值的参考信息。影像标注是影像组学的重要环节,目前仍以医生手工分割ROI作为标注的“金标准”。然而手工分割重复性高、工作量大、效率低下,已难以应对呈几何增长的影像数据,
随着全球经济、社会生活的快速变革,各类突发事件频繁发生。其中,暴力恐怖和疫情传播等群体性突发事件的发生率在全球范围内快速上升,对国家经济发展、社会和谐稳定、人民生命健康等多方面都造成了严重的影响。针对这些问题,本文提出了两种群体行为仿真模型,分别是群体对抗行为仿真模型和群体行为管控仿真模型,尝试解决暴力恐怖和疫情传播这两类具有相似性的突发事件。通过人群仿真深入研究突发事件下的群体行为,对其进行管控
目前地下水恢复治理已成为一个普遍被重视的问题,地下水的生态价值逐渐受到人们的关注。本文从生态学角度出发,分析新乡市平原区地下水动态特征及影响因素,在总结现有地下水生态水位理论基础之上,提出适用于新乡市平原区的地下水生态水位阈值标准。在此基础上,通过FEFLOW软件建立地下水数值模拟模型,分析不同地下水开发利用情景模式下地下水动态演变特征,探讨有利于地下水生态水位恢复的有力方案。通过分析得出主要结论
当前,我国医疗资源分布失衡,80%的医学影像诊断资源都集中在城市大医院中,导致了大医院人满为患、基层医院无人问津的恶性循环。因此,为了缓解基层“看病难、看病贵”的问题,本文设计了一种分布式区域协同医学影像信息系统,解决了远程诊断过程中“传输难、存储难”的问题,实现了远程医疗数据高速传输、分布式医学影像数据存储、基层医院影像诊断人才培养等目标。本文完成的主要工作包括:1.针对医学影像数据高速传输的需
多自主体系统在现实生活中有着广泛的应用.本文分别解决了带有输入饱和和执行器故障的线性多自主体系统和带有异步拒绝服务攻击的线性多自主体系统的事件触发一致性控制问题.本文基于李亚普诺夫稳定性理论、矩阵理论、小增益定理,自适应控制理论,在第三章构造出两个事件触发控制机制来确定多自主体系统(3.1)状态的采样时间和传输时间,提出了使带有输入饱和和执行器故障的线性多自主体系统实现半全局一致的充分性条件,并且
Compound TCP(CTCP)是一种时滞和丢包相结合的适合高速长距离网络的传输控制协议.Gentle RED(GRED)能够降低队列长度的振幅,对网络有积极的影响.网络的稳定性和性能与拥塞控制系统的动力学息息相关,周期解及混沌等复杂现象都会使网络的性能下降甚至崩溃,因此研究网络拥塞控制系统的动力学至关重要.在国家自然科学基金(编号11372282和11972327)的资助下,本文主要研究了现
学位
学位
本文研究了网络化线性切换系统的事件触发控制问题.由于在事件触发机制下只能获得采样数据的活动模式和状态,子系统的模式与候选控制器的模式大概率会发生不匹配,即会发生异步切换.因此本文主要讨论了频繁异步下切换系统的事件触发控制与具有异步切换的网络化线性切换系统的事件触发容错控制.基于不限制每个子系统的最小驻留时间,本文允许在保持时间间隔内系统可以发生频繁切换,并且通过采用与控制器模式相关的Lyapuno
本文主要研究了改进的MLC电路系统和胶囊系统的非光滑分岔.对于改进的MLC电路系统,首先在理论上给出擦边分岔发生的解析条件以及周期轨道只位于某一区域内的条件.当该系统的外部激励力为零时,它为非光滑自治系统,针对这种情况,本文分析了其平衡点的稳定性、平衡点的非光滑分岔和极限环分岔;当系统的外部激励力不为零时,它为非自治系统,本文主要通过数值模拟发现更为复杂的擦边分岔和共存吸引子,寻找了不同的通往混沌