自1990年6月国务院正式批准设立我国第一个保税区—上海外高桥保税区以来,保税区经过十几年的发展,取得了一定的成就。但随着国内外经济环境的变化以及保税区自身存在的一些缺陷,其进一步发展的空间受到了严重的限制;2005年6月我国第一个保税港区—上海洋山保税港区成立,作为中国特色的自由港,这是我国目前开放层次最高、政策最优惠、功能最齐全、区位优势最明显的经济特区;因此,它的产生与发展倍受国内外各界的普遍关注。本文首先论述了我国保税区运作的实例及其现状,分析了目前保税区在港区分离、通关运作、贸易经营权、出口退税等方面存在的问题;其次,根据2007年10月新颁布的保税港区管理暂行办法,探讨了保税港区作为现代物流核心节点的重要作用,论证了我国保税港区的产生与发展、运作模式以及存在的问题,并重点研究了发展我国保税港区现代物流的思路,提出了一些具有建设性的政策建议与对策。