蒙古一直都是历届中央政权十分重视的地区,且随着时代的推移,它与中央的关系愈发变得紧密,中央政府也是以设置专管机构等方式来确立其对蒙古地区的管理,至南京国民政府时期,对蒙古地区的管理机构已不仅仅限于在中央设置单一机构,而是呈现多元化,中央与地方并存,上级与下级共事,专管与分管合作,从而形成了管理蒙古地区的多机构模式。在中央,对蒙古地区进行管理的当属蒙藏委员会,它于南京国民政府成立之初便已作为管理少数民族地区事务的中央机构行使职权,成为这一时期专管蒙古地区事务的最高机构,并下辖诸多专门机构共同管理,而蒙藏委员会及其附属机构也成为南京政府时期治蒙机构的核心。在地方,许多领域均有专门的治蒙机构对蒙地负有管理职责,这类机构多直接对中央负责,作为中央治蒙在地方的延伸,成为管理蒙地机构系统中不可缺少的一部分。除上述专司蒙地管理的诸多机构之外,还存在日常事务中涉及治蒙内容的中央与地方机构,在中央以行政院及下辖各部门为代表,在地方则以统辖蒙古地区各盟旗的省政府为主,此类机构为国家行政机关,在其相关管理工作中时常含有治蒙事务,或是独立处理,或是与其他部门共同协商,以多种方式参与到治蒙事务之中,在治蒙机构中也占据着相当重要的地位。各机构在治蒙事务中通过颁布政策法令、设立办事机构等方式履行其组织建制时所订立的职责,以求促进蒙地的发展,使之与中央关系趋于紧密,也取得了相当重要的成就,不过终有部分法令法规未能完全落实,成为此类机构运作过程中的遗憾。