21世纪，全球创新竞争加剧，世界经济一体化要求提高。供应链中单个企业可用资源的有限性，客户需求的日益个性化，产品生命周期的逐渐缩短，使得单个企业很难依靠自身力量来满足上述要求。这势必要求供应链中企业展开广泛协同，以达到资源互补，降低创新不确定性和风险等目标，供应链协同知识创新成为了企业获取竞争优势的重要来源。在这一背景下，本文聚焦于供应链协同知识创新过程中的两个重要决策，协同伙伴的选择和创新投资决策。　　首先，本文分析认为，构建共享知识库是供应链协同知识创新过程中的决定性环节，在此基础上，从知识共享能力和知识共享意愿两方面分析影响协同伙伴选择的因素，并建立了供应链协同知识创新伙伴选择指标体系。运用层次分析法，构建供应链协同知识创新伙伴选择评价指标体系，识别最佳协同伙伴。　　其次，在分析跨组织知识创新投资决策的基础上，构建一个制造商和一个供应商的简单供应链协同知识创新投资决策模型。在这一模型中，制造商通过投资供应商的知识创新活动，以更低的价格获得更优质的产品。利用博弈论方法，在固定市场需求和变动市场需求下，比较创新前后制造商和供应商的收益。运用MATLAB软件进行数值试验，分析参数的变化对创新投资策略的影响，并对数值结果进行分析。　　最后，针对供应链协同知识创新过程中的问题，本文从政府和企业两方面提出相关建议。