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柠檬桉是我国南方具有极高价值的速丰林树种之一,但缺乏遗传改良研究。本文以澳大利亚6个天然种源和6个中国种源为研究对象,分析了柠檬桉在苗期和半年生幼林的形态特征等的遗传变异、柠檬桉种源SSR标记的遗传多样性水平和遗传结构。根据三种评价方法得到的结果,探讨了柠檬桉国内外种源遗传变异的差异性和相似性,比较了三种评价方法间结果的异同。(1)通过对3.5月生的柠檬桉幼苗的12个表型和生长特性变异进行评估,发现:大多数表型性状在种源和家系间均差异显著,其中澳大利亚昆士兰州最北部的4个种源明显不同于其他两个昆士兰州南部的种源和中国的所有种源。茎柔毛和叶柔毛两个性状在12个种源间差异较大。昆士兰州最北部的4个种源的分化程度显著,其中云南元谋与昆士兰州最南部的CAL.种源表型相似,且明显不同于其他种源;其他5个中国种源与昆士兰州北部偏南边NHU.种源表型性状比较接近,且5个种源间表型性状相似。(2)根据柠檬桉半年生幼林表型变异分析,我们发现:昆士兰州最北部的4个种源在树高、树形和叶健康程度之间显著区别于昆士兰州北部的偏南边的NHU.种源和中国所有的种源,而NHU.种源与中国的6个种源在这3个特征上比较相似;除云南元谋种源外,中国其他5个种源表型性状相似;种源QUA.的表型变异系数要高于其他所有种源,变异系数最小的种源为广西高峰,而在5个表型性状中变异系数最小的为叶粗糙度,最大的为叶健康程度。(3)通过利用13对SSR引物对11个柠檬桉种源进行PCR检测,分析了柠檬桉的遗传多样性和遗传结构。结果表明:从96对引物中所筛选的13对引物均具有较高的多态性,其中EuceSSR0276引物的多态性最高;13对引物的平均期望杂合度数值属于中等,而Shannon’s指数(I)数值有11对引物均大于0.500;11个种源中种源WMA.、GLE.、SIL.和QUA.的遗传多样性水平相似,而遗传参数值最大的是NHU.种源,与云南元谋的HE数值接近,而其他中国种源的遗传参数值比较接近;柠檬桉种源遗传分化程度中等,群体内的变异要大于群体间的变异,而且聚类分析发现柠檬桉种源的分化与地理位置有关。(4)结合柠檬桉形态学特征分析和SSR标记分析可以发现来自澳大利亚昆士兰州最北部的4个种源的表型性状变异相似,其遗传多样性水平也较类似;而来自昆士兰州北部偏南边的NHU.种源遗传多样性水平最丰富,与中国云南元谋种源的表型变异及遗传多样性水平相似;来自中国广东广州、广东惠州、广西高峰和广西东门按照地理位置聚在一起,表型性状变异比较相似,其SSR标记的遗传多样性水平均表现中等;总体来说柠檬桉种源表型变异比较丰富,其遗传多样性也丰富,遗传分化中等,则表明柠檬桉种源育种利用的潜力大,种质资源管理应重视表型变异丰富及遗传多样性较高的种源。结果说明,三种方法对柠檬遗传多样性的评价都是适宜的。