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本课题以烤后烟叶为材料，通过RAPD标记向SCAR标记转化，建立烟草SCAR标记技术的转化方法，并应用烟草SCAR技术构建烟草SCAR指纹图谱库，得到以下主要结论：（1）烤后烟叶基因组DNA提取方法的优化：对改良CTAB法中主要影响因素单因素优化结果表明：CTAB沉淀缓冲液使用DNA溶液体积的1.5倍、裂解时间40min、Tris平衡酚的抽提1次和RNase A（10mg/mL，1μL）37℃处理10min时提取得到的烤后烟叶基因组DNA，主带清晰单一，纯度OD260/OD280处于1.7～1.9之间，浓度可达到382.500ng/μL，达到后续PCR实验对DNA模板的要求。（2）RAPD引物筛选：通过RAPD分析，每条引物都能扩增出4～14条条带，L112可扩增出14条带，其中8条为多态性条带。部分扩增结果稳定可用烟草品种鉴定并转化为SCAR标记的引物有OPZ-4等15条。（3）烟草品种RAPD遗传关系分析：通过遗传关系分析，12个烟草品种的遗传系数在0.1875～0.8421之间，平均值为0.5721。其中红花大金元与NC102之间的遗传距离最小，为0.1875，云烟87和龙江911之间遗传距离最大，为0.8421，聚类分析表明：12个烟草品种分为三大类，第一大类中包括两个亚类Ⅰa和Ⅰb共8个品种，第二大类中包括3个品种，KRK26单独聚为第三大类。（4）烟草RAPD标记向SCAR标记转化：通过对RAPD标记L34313bp的特异片段回收纯化，克隆测序，分析其序列信息并设计SCAR引物对S-1/S-2，经过退火温度的优化成功将RAPD标记L34313bp转化为SCAR标记，并建立了烟草SCAR标记技术的转化方法。（5）烟草SCAR标记技术的应用：利用6对SCAR引物的扩增图谱，建立12个烟草品种的SCAR图谱库、分子ID和鉴别路线。建立的12个烟草品种的SCAR图谱库，可鉴别12个品种中的某一个品种和将12个烟草品种一一鉴别，且不受烟草品种的亲缘关系和疾病抗感性影响。