中国民族危机最严重的时期是抗战时期,同时这一时期也是中华儿女民族主义情感最高涨的时期。傅斯年的民族主义思想在抗战时期便非常具有代表性。傅斯年的民族主义思想在抗战时期主要表现为三个方面。首先是爱国主义情感下的抗日宣传。日本对中国的疯狂的侵略,激发了傅斯年藏在心中的爱国主义情感。他以笔为武器,在报上发表文章,强烈谴责日本的侵略,批评国民政府不抵抗政策,呼吁各民族团结起来进行全民族的抗战；其次是宣传中华民族的认同思想,呼吁各方消除民族分别,团结各民族的力量进行抗战。中国不是一个单一民族的国家而是一个多民族的国家,这是不容置喙的事实。但是在抗战的大环境下,这种事实很容易被侵略者利用,用来制造民族分裂,瓦解中国抗战的力量。傅斯年早已认识到这一点,因而他主张学者注重民族之间的共同性,尽量避免谈及民族之间的区别,以此来促成民族团结,合力进行抗战；最后,傅斯年的民族主义思想还体现在其学术研究之中。为振兴中国学术,实现“东方学之正统在中国"的理想,他创办历史语言研究所,采用新的理念进行集众式的研究。另外,在他有关东北史的研究中也体现出了强烈的中华民族认同意识,即东北民族与汉族同种同源,东北自古以来就是中国领土不可分割的一部分。