研究人类基因组的个体差异进而了解个体疾病易感性及对药物敏感度，对个体基因组的再测序势在必行。目前实用的基因组测序方法费时费力，于是发展快速低成本的基因组测序方法正成为国际学术界研究热点。本实验室正在开发的快速低成本全基因组测序技术，旨在利用生物芯片快速高通量的特点解决这个问题。我们知道测序前需把DNA序列打断成小片段，利用限制性内切酶是常用打断方法之一。在芯片测序中，DNA序列也需被切成均匀合适的片段，如用限制性内切酶处理，那么酶的选取就显得很重要。通过实验尝试选择内切酶的方法不经济且费力，而通过生物信息学的方法能为这个问题的解决提供极大便利。本文正是从生物信息学的角度出发，构建了服务于生物芯片基因组再测序技术的酶切分析平台，并基于此平台初步提出了内切酶选择策略。 该平台由三部分组成：基于WEB的查询系统，酶切工具，数据分析程序。通过WEB查询系统，用户不仅可以获得酶的相关参数，而且可以了解两个酶能否共消化同一目标序列。我们的酶切工具相比于之前类似的软件其有更大的数据处理能力，而且允许多个酶共同处理同一序列，还能显示酶切后片段的位置、长度，更具特点的是能显示片段的序列及它们的末端信息，并可显示片段模拟电泳图。数据分析程序通过计算一定长度范围内的片段在待测基因组上的覆盖度，来判断能否利用这些片段进行全基因组的再测序。 通过对该工具的应用，我们提出了测序时限制性内切酶的选择策略。分别使用单个酶及可同时使用的两两组合去切割T7噬茵体基因组，通过比较酶切结果，发现使用组合酶得到的酶切片段更均一，对全基因组的覆盖度也更高。在今后生物芯片再测序工作中，可以更多考虑使用组合酶来切割序列。利用该平台，我们用酶fok I切割了跟p53基因有关联的98个基因，提取得到的500-600bp长度片段，预测了片段上潜在的甲基化位点，为那些基因进一步甲基化研究提供了帮助。此外通过该工具使用，发现酶切片段的数目和该序列上三联碱基频率之间存在某种相关性，当然要作为一种结论它还需要未来更多数据和实验来说明。