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目前,单倍型分析是进行全基因组多态性的连锁不平衡分析,寻找致病基因和进行染色体结构研究的重要手段。然而,现有的单倍型分析方法,如单分子稀释,克隆和等位基因特异性聚合酶链式反应(AS-PCR),相比基因分型,要更加繁琐和昂贵。本论文提出一种二倍体生物PCR产物单倍体分型的策略,即先对PCR产物包含的相邻两个SNP位点进行基因分型:如果其中任何一个位点为纯合子,单倍型都可以通过基因分型来确定;如果两个位点均为杂合子,其可能的单倍型有两种组合,样本包含的单倍型需要进一步的分析。针对待测样本中含有两个相邻的杂合SNPs的情况,我们提出一种引物选择合成测序分析PCR产物单体型的方法。首先,采用等位基因特异性引物进行引物测序,即用3′末端杂交到第一个SNP位点的等位基因特异性引物进行引物选择性限制,正确匹配的引物继续延伸测序确定PCR产物的单倍型;其次,针对某些等位基因特异性引物会产生非特异性延伸的情况,采用封闭特定引物的测序方法,即当测序引物杂交到DNA模板后,先通过加入特定的双脱氧核糖核苷三磷酸(dd NTP)到测序体系中,如果加入的dd NTP与DNA模板互补,则测序引物被封闭。反之,未被封闭的引物可以采用焦磷酸测序或Sanger测序获得单倍型分析结果。为验证该上述思路的可行性,挑选Gilbert综合征相关的UGT1A1*6(rs4148323)和UGT1A1*28(rs8175347)以及帕金森病相关的K1637K(rs11176013)和S1647T(rs11564148)四个SNPs位点为研究对象。包含UGT1A1*6和UGT1A1*28两个相邻位点的PCR产物单倍型,通过加入等位基因特异性引物后直接进行Sanger测序被确定。由于测序引物产生非特异性延伸的两个相邻位点K1637K和S1647T,通过加入dd NTP选择性封闭引物进行焦磷酸测序,成功获得单倍型结果。实验结果表明,本方法简单快速,不受焦测序读长限制,有望建立一种准确、简单、适应性广的常规PCR产物单倍型分析方法,为生命科学相关的基础研究以及可能的临床疾病诊断提供实验手段。