研究生教育是国家建设高等教育强国和创新型国家战略决策中的核心组成部分,是培养高素质创新型人才的重要载体。随着市场经济体制的建立和高等教育改革的日益深化,2006年我国推出了研究生培养机制改革,此次改革的核心内容在于构建以科学为导向的导师负责制和以科研课题为导向的导师资助制的新体系。伴随着国家的行动、导师的声音、研究生的期盼,导师制改革如火如荼的进行,但是改革的成效褒贬不一,引起了持续而又广泛的关注、质疑和争论。这就需要我们深思以科研为主导的导师资助制会面临什么样的困境,又是什么原因导致这些问题的产生,我们又该从哪些方面完善我国研究生导师资助制。全文首先对本论文的研究背景及意义、研究思路、研究方法和国内外相关研究成果进行综述。本文的创新所在就是以两所典型高校为个案,利用问卷调查法对不同专业的研究生进行抽样调查,采用SPSS统计软件,主要就“导师对研究生的资助情况”、“研究生师生关系”两大方面进行了深入分析。发现我国高校研究生导师资助制在实施过程中存在着不同专业间导师资助力度存在明显差异、师生关系有待改善、导师的积极性不高、弱势学科受挤压以及学科发展不均衡等问题；原因在于改革中受运行成本的制约、传统文化的影响、改革主体缺失以及制度设计不合理等。通过借鉴学习我国国内高校在研究生导师资助制改革方面的经验做法,并收集整理了国外发达国家研究生导师资助以及师生关系的有关新闻报道等素材,本研究认为应该从政府、高校、导师三方面探讨如何完善导师资助制。政府应该加大资助力度、创设宽松投资环境,鼓励支持企业参与资助、健全相关法律法规；高校应该做到完善导师遴选及评估制度、开展校内外导师合作模式、设立补助资金,建立差异性导师资助制；导师应该不断提高自身水平、加强对学生的学术指导与人生指导。