本论文对从国内外引进的15株双孢蘑菇栽培株系进行了菌丝生长速度测定、田间试验、酯酶同工酶分析、可溶性蛋白浓度测定及其电泳分析以及AFLP指纹图谱分析。 菌丝生长速度与田间试验的测定结果表明，供试菌株之间在农艺性状上具有明显的种内多样性。根据各供试菌株所表现出的产量和商品性状特点，可初步将所收集到的15株双孢蘑菇分为3种类型：高产低质性，优质低产型以及介于二者之间的中间型。 酯酶同工酶电泳结果表明：双孢蘑菇在其菌丝体阶段，其酯酶同工酶差异较大。通过UPGMA平均连接程序进行聚类分析发现：所有供试菌株在相似系数为0.39时聚为一群；在相似系数为0.47时，所有菌株聚为3群。酯酶同工酶的分群结果不能有效反映供试菌株在菌丝生长速度和田间试验上的差异。 可溶性蛋白含量测定表明：供试双孢蘑菇菌株之间可溶性蛋白质含量相差较大，差异最大的可达14.251μg／μL；差异最小的仅相差0.029 μg／μL。同时，供试菌株可溶性蛋白含量各异：最高的为17.9651μg／μL；最低的是3.714μg／μL。可溶性蛋白质电泳图谱的聚类结果表明：供试菌株在相似系数等于0.94时被聚为一类，在0.94以下被分为两类。说明品种内各菌株间的可溶性蛋白含量差异较大，但可溶性蛋白质的种类差异较小。 AFLP指纹图谱表明：每个双孢蘑菇品种都具有自己独特的AFLP带谱。电泳图谱的聚类分析结果表明：供试品种在相似系数为0.79时被聚为一类，在相似系数大于0.79时聚为3群。试验证明AFLP分群结果与菌丝生长速度和田间试验所得分群结果一致。说明在本试验中AFLP技术能够有效印证样品在农艺性状上的分群特点。 双孢蘑菇由于自身保守的次级同宗配合遗传方式以及长期野生种质资源的匮乏，造成现有栽培菌株之间相似性程度较高，尽管这样，本试验采用不同方法，从菌丝生长速度、农艺性状、蛋白质以及基因组各方面系统地反映了双孢蘑菇主要商业栽培菌株间的表型及遗传差异性，为双孢蘑菇种内杂交育种提供了科学依据。本研究还表明：供试菌株均各自有独特的AFLP带谱，能反映菌株间的微弱遗传差异，可以作为杂交菌株鉴定的可靠分子标记。