本研究对青海省境内的柴达木山羊（CS）、辽宁绒山羊（LRS）和柴达木绒山羊（CRS）三个山羊群体进行了血液蛋白质（酶）和分子遗传标记（RAPD）的多态性及其与经济性状（产绒量、体重和绒细度）的关系分析，结果如下：1. 绒山羊不同生产水平群体的生化标记 ① CS、CRS和LRS三个山羊群体经济性状最小二乘均值（LSM）间存在显著或极显著差异（P<0.05或 P<0.01），绒产量和体重以LRS最好（353.51g和37.293Kg），绒细度以CS最好（15.014μm）；② 除PA-3位点外，其它5个多型位点的优势基因型在三个群体中表现一致，分别为TfAA、Amy1-1、LAPAA、EsD1-1和Alp00型；③ 三个群体优势基因表现一致，分别为Alp0、PA-31、EsD1、Amy1、TfA和LAPA，说明其有着共同的起源；④ CRS群体基因位点平均纯合度为0.7227，低于CS（0.7416），而高于LRS（0.7130）；⑤ CRS与CS、LRS群体的遗传贴近度分别为0.957、0.891。2. 绒山羊经济性状单位点标记的遗传分析 ① 三个山羊群体在体重上，EsD位点的2-2型与1-1型的效应值之差值皆可达到各自群体的一个标准差以上，EsD2-2型为体重性状的首选标记基因型；② CRS和LRS群体在绒产量上,LAP和EsD两位点各基因型LSM间差异显著(P<0.05)，其LAPBB型为首选标记基因型；③ 三个山羊群体在绒细度上，PA-3位点各基因型LSM间的差异显著(P<0.05)，确定PA-32-2型为首选标记基因型。3. 绒山羊经济性状双位点标记的遗传分析 ① 三个山羊群体三个经济性状共计120个位点组合均存在一定程度的互作；② 在体重上，CS群体的Alp/ PA-3，CRS群体的Tf/Alp、Tf/Amy和Alp/Amy；在绒产量上，CRS群体的Tf/LAP、Alp/LAP、Alp/EsD、Amy/LAP和PA-3/EsD，LRS群体的PA-3/EsD；在绒细度上，CRS群体的Amy/EsD和LAP/EsD，LRS群体的Tf/EsD、Alp/EsD和LAP/EsD等15个位点组合内各组合基因型LSM值间差异显著（P〈0.05），且具有高的互作效应（RI>0.5）；③ 可利用标记基因型间的互作效应进行经济性状的标记辅助预测（MAP）。4. 绒山羊结构基因位点的遗传共适应 ① 三个山羊群体45个位点组合中有10个位点组合处于遗传不平衡状态，并且这些遗传不平衡由遗传共适应差异造成；② 除LRS群体Tf/PA-3组合的遗传不平衡包含非等位基因间的共适应差异外，其它不平衡位点组合皆由单位点遗传不平衡造成；③ LAP/EsD组合的共适应差异在群体间有遗传传递现象，并与经济性状有一定程度的关联。<WP=4>5. 绒山羊不同生产水平群体的DNA分子标记 ① RAPD分析所用8个引物扩增条带总数为94条，多型频率为0.8511，DNA片段长度在176-2937bp之间；② 利用RAPD标记进行亲缘群体间遗传分化和遗传相似性分析，发现CRS与CS、LRS的亲缘程度基本接近（Dij：0.0109，0.0106），CS与LRS间亲缘关系较远（Dij：0.0230）。6. 绒山羊经济性状DNA分子标记的遗传分析 ① 在体重上，CY0813引物的E带、CY0816引物的C带和O带、CY0817引物的D带、CY0818引物的G带、OPW19引物的C带以及F09引物的C带和H带为优势标记条带；② 在绒产量上，CY0814引物的F带、CY0816引物的J带、CY0817引物的A带和J带及OPW19引物的C带为优势标记条带；③ 在绒细度上，CY0817引物的F带、F09引物的D带和OPQ05引物的K带为优势标记条带；④ 在多目标性状标记时，CY0818引物的A带0型和OPW19引物的C带1型在体重和绒产量性状上表现出选择优势。