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隐孢子虫是一种具有传染性的专性胞内原虫寄生虫。隐孢子虫病是全世界最常见的食物和水源性疾病之一,常导致动物和人发生腹泻。在具有免疫能力的个体内,隐孢子虫通常引起自身限制性腹泻,2-3天可自行消退。然而,隐孢子虫病却可能威胁动物和免疫抑制人群的生命。2003年,隐孢子虫病已经被我国列为重点防范的两种寄生虫病之一。一般情况下,粪便检查中出现4-6μm大小的球状卵囊即可确诊隐孢子虫感染。但是隐孢子虫种类的鉴定还必须结合形态学,分子生物学和宿主特异性等数据共同进行分析。为了解四川部分地区藏羊、兔和牛隐孢子虫感染情况,采用饱和蔗糖溶液漂浮法对1274份粪便样品进行检测,包括道孚县某养殖厂34份藏羊粪样,雅安2个兔场共584份兔粪样以及达州、宜宾、邛崃和红原县6个牛场共656份牛粪样。结果表明,藏羊隐孢子虫感染率为2.94%(1/34)；兔隐孢子虫感染率为3.6%(21/584),1月龄以下兔感染率最高；牛隐孢子虫感染率为2.13%(14/656),2-6月龄牛感染率最高。为确定藏羊隐孢子虫感染种类,通过巢式PCR扩增阳性分离株的18SrRNA、HSP70和CpA135位点基因,并采用限制性内切酶SspI和VspI对18SrRNA产物进行酶切分析。同时构建系统进化树,分析藏羊感染隐孢子虫类别。结果显示此藏羊感染隐孢子虫18S rRNA与C. xiaoi (GU553016)相似率为99.9%；HSP70与C. xiaoi (FJ896041)相似率为98.7%；CpA135与C. ubiquitum (HM358023)相似率为99.3%。18S rRNA产物经.SspI酶切后获得3条条带493 bp、262 bp和103 bp,经VspI酶切后获得3条条带508 bp、181 bp和104 bp,与C. bovis酶切条带相似。基于18S rRNA和HSP70的系统发育分析显示,该分离株与C. xiaoi亲缘性最近。为确定兔隐孢子虫感染种类,通过巢式PCR扩增21份阳性分离株的18SrRNA、HSP70、CpA135、COWP和GP60位点基因,同时构建系统进化树。结果显示所有21株隐孢子虫均为C. cuniculusc 18S rRNA与C. cuniculus(GU097631)相似率达100%；HSP70与C. cuniculus(GU097646)相似率达100%,CpA135与C. cuniculus (KC 157564)相似率达100%,COWP与C. cuniculus(GU097635)相似率100%,GP60显示其亚型为VaA31。为确定牛隐孢子虫感染种类,通过巢式PCR扩增14份阳性分离株的18SrRNA位点基因,并采用限制性内切酶SspI和VspI对18S rRNA产物进行酶切分析,同时构建系统进化树。结果显示,DZ1、DZ2与C. ryanae (HQ179574)相似率达100%；YB1与C. andersoni (AB777194)相似率达100%,；QL1、QL3-QL5、QL8-QL11与C. andersoni (KF271480)相似率达100%；QL2、QL6、QL7与C. bovis (JX515546)相似率100%。DZ1、DZ2、QL2、QL6和QL7 SspI酶切条带约为430bp、270bp、100bp,Vsp Ⅰ酶切条带约为620bp、115bp、105bp,与C. bovis和C. ryanae酶切条带一致；YB1、QLl、QL3-QL5和QL8-QL11 SspⅠ酶切条带为450bp和400bp,Vsp Ⅰ酶切条带为730bp和115bp,与C. andersoni酶切条带一致。由此确定,DZ1、DZ2为C. ryanae, YB1、QL1、QL3-QL5。QL8-QL11为C. anderson; QL2、QL6、QL7为C. bovis o调查显示,藏羊、兔和牛均出现隐孢子虫感染。本实验首次在藏羊体内发现C. xiaoi;21株兔源隐孢子虫均为C. cuniculus,VaA31为新的基因亚型；14株牛源隐孢子虫包括3个种,分别是C. ryanae、C. andersoni和C. bovis。