近年来，高等学校完善信息化建设基础，推进办公自动化建设已经成为一种趋势，是高校实现现代化管理的重要方法。推进新建本科高校的办公自动化建设，已成为新建本科高校转变管理职能，推进高校行政部门转变工作方式，加强机关作风建，进一步提高办事效率，规范现代管理行为，推进高校管理体制改革的重要任务。本文从办公自动化的发展现状入手，应用公共管理的理论分析办公自动化对新建本科高校组织机构扁平化、弹性化和虚拟化的影响，促进新建本科高校业务流程的再造和协同政务的开展。对比新建本科高校与老本科高校存在着经费投入不足、办学基础较弱；名气不大牌子不响，社会影响力不强；社会服务意识不强，与地方互动较弱；未形成成熟的人才培养体系等方面的差距，以及对办公自动化建设的影响。通过调查发现当前新建本科高校办公自动化建应用中存在主要问题有：多头管理，缺乏统一规划；起步晚、基础弱，缺乏前瞻性；重技术、轻管理，管理能力弱；机制体制不健全，缺乏安全性；引导创新不足，缺乏绩效评价体系等五个问题。同时，由于新建本科高校在办学规模不断扩大，管理体制改革和多校区功能布局调整引起的信息资源无法有效共享，技术不成熟形成信息孤岛，人员素质的差异导致数字鸿沟等问题。研究中通过对现代公共管理知识的运用，运用组织结构优化、业务流程再造和协同政务等理论进行分析，提出了新建本科高校办公自动化的建设原则，以及CIO制度的建立；信息基础建设的完善；针对性、实效性的提高；机制体制建设的完善；绩效管理的加强等对策建议，推进新建本科高校的办公自动化建设。本研究试图为新建本科高校科学合理地开展办公自动化建设提供理论补充和实践经验，期盼也可为同类院校的更好建设办公自动化提供借鉴。