区际刑事司法互助是指在一个主权国家内部，不同法域之间就诉讼文书的送达、证据的调查与取证、逃犯的移交、刑事诉讼的移送管辖、判决的承认和执行等各类刑事司法事务，相互提供便利、相互合作的活动。近年来，随着大陆与台湾地区交流的不断密切，两岸互涉的犯罪人和犯罪活动随之增加，对两岸同胞的生命和财产安全构成威胁，为有效共同打击两岸互涉犯罪，不得不把两岸区际刑事司法互助提上一个重要的议程。但由于两岸关系的特殊性，两岸在开展区际刑事司法互助过程中，无法从国际上寻求先例。多年来，两岸虽然未正式建立刑事司法互助机制，但两岸司法机关之间的交流与合作从未中断过。这些个案探讨，既积累了一定的经验，同时也遇到了不少的困境。2009年4月26日，大陆与台湾签订了《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》，虽然开启了两岸刑事司法合作一个新时代。但其框架协议的制度设计，没有也不可能对技术操作问题进行深入细致的铺陈，因此在处理两岸互涉犯罪的实务操作中的许多问题仍未彻底解决，如证据采集与采信、跨界犯罪打击措施、管辖权冲突、已决犯移管等等。而且，目前对于两岸间的刑事司法互助由于政治、历史以及实践的因素，研究较为薄弱。本文正是基于理论和现实的需要，从司法实务的角度，以闽台检察实务合作为基础研究样本，对两岸刑事司法互助的实践问题，及其基本的解决方案做初步的探讨，试图进一步健全完善两岸刑事司法互助体系，从秉持的原则、协作的模式、机制的建立等方面进行建构，提出在坚持一国两制、法域地位平等、有效打击和预防犯罪及合理界定管辖权等“四项原则”的基础上，建立一种“窗口授权”模式，突出两岸检察机关协作的主体性，以福建为先行突破口，明确授权福建省人民检察院作为两岸司法互助的具体联系单位，在最高人民检察院的领导下，直接与台湾检方指定的机构和人员建立工作联系，协调办理涉台湾地区的案件。同时，在犯罪情资交换、证据协查、合作打击犯罪、已决犯移管、司法实务交流等方面探索完善相关机制，以期为解决两岸刑事司法互助的实务问题提供一些构想。