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辣椒（Capsicum annuum L．）属茄科（Solanacea）辣椒属（Capsicum spp．），是一种常见的非常重要的蔬菜作物，在我国的播种面积仅次于大白菜而位居第二。辣椒杂种优势非常明显，优良的杂交种子比常规品种增产30％以上。现在商业化生产上使用的辣椒杂种种子占整个辣椒种子的90％左右。由于利用胞质雄性不育三系配套生产辣椒杂交种子，可以省去人工去雄、隔离等人工成本，提高种子纯度，同时有利于知识产权的保护等。因此，对辣椒胞质雄性不育的生理与分子生物学研究逐步得到重视。本研究以辣椒胞质雄性不育三系分离群体为试材，通过对辣椒AFLP以及RAPD反应体系中的关键因子进行优化，建立了适合辣椒的AFLP以及RAPD反应体系，在此基础上在辣椒的第6条染色体上初步定位了控制辣椒恢复主效基因的两个分子标记。通过部分已经标记的恢复基因在三系分离群体的验证，探讨其是否在此群体中有多态性差异。另外，通过将含强恢复基因的辣椒与甜椒回交，为在分子生物学水平上为甜椒能否从辣椒中获得恢复基因提供了一种新的途径。主要研究结果如下：1建立了适合辣椒育性分析的AFLP和RAPD反应体系。2在辣椒第6条染色体上（0～20cM之间）找到了2个与辣椒胞质雄性不育恢复主效基因紧密连锁的标记：E32M49-424bp和q18-1.0kb。3根据2000个分离群体的育性恢复情况以及分子标记筛选结果，利用Joinmap 3.0软件，计算AFLP标记E32M49-424bp和恢复主效基因的遗传图距约为3.1cM；而RAPD标记q18-1.0kb和恢复主效基因的遗传图距约为2.2cM。4 SCAR标记Rf-737与辣椒胞质雄性不育恢复主效基因连锁，两者间的遗传距离约为12.7cM，此标记与E32M49-424bp的遗传图距约为15.8cM，与q18-1.0kb的遗传图距约为10.5cM。5 RAPD标记L09-763在本材料中未发现特定多态性差异。6从辣椒中选择恢复性较强的恢复系与甜椒杂交，在F1代中发现了含恢复基因的特异带。