传统公司法一直以“一股一权”为基本原则，奉行股东同质理论。但是“一股一权”原则将股份视为无差别的载体，忽略了股东之间的差异性。而随着资本市场实践发展，股东异质化理论逐渐推翻股东同质化假设。双层股权结构完美地契合了股东异质化理论，兼顾了公司运营实践中的效率与公平目标。双层股权结构对于股东差异化表决权的制度安排也体现了股东之间的实质平等。同时双层股权公司还具有融资且保证控股股东控制权、可以有效抵御敌意收购等优势。但是，由于表决权与股权的差异化安排设计，也存在进一步放大双层股权结构公司中普通股东弱势地位的风险和隐患。相比国外较为成熟的证券资本市场，目前，我国证券资本市场中普通股东仍占比较大，机构投资者占比较小。因此，在双层股权结构公司在我国被逐渐接受和采用的情势下，保护双层股权结构公司普通股东权益则成为了保障我国资本市场有效运行的重要环节。双层股权结构公司治理的核心问题在于如何平衡不同类别的表决权股东之间的利益，尤其需要平衡超级表决权股东与普通股东的利益。对双层股权结构公司普通股东权益保护制度研究有助于平衡双层股权结构公司内部股份和表决权差异化引发的股东利益冲突，以及提高双层股权结构公司在国内的治理发展水平。
　　我国双层股权结构公司普通股东权益保护仍存在一些问题，例如缺乏足以应对现行团体持股相匹配的信息披露制度，未规定针对性的“穿透式”信息披露、对超级表决权的限制性不足、“日落”条款不完善以及公司内部监管机制失效、外部监督机制失灵的风险、普通股东配套救济机制不完善等问题。以上问题的存在极易导致侵害普通股东权益的事件发生。
　　为此，我国需要借鉴境外发达国家及地区（美国、新加坡以及我国香港地区）的双层股权结构公司普通股东权益保护制度的设计经验，进而提出完善保护普通股东权益的制度建议。一是要完善我国针对性信息披露制度，通过“穿透式”信息披露确保公司实际控制人“浮出水面”，规避关联交易等风险，从而保护普通股东的信息知情权。二是需完善“日落”条款，增加持股比例“日落”条款以及明确固定期限“日落”条款的期限，同时，应引入“燕尾”条款限制超级表决权股东在并购时为己牟私利的可能。三是需引入类别股东表决制度，在涉及不同类别股东利益事项时赋予普通股东参与决策的权利。同时，需加大董事会独立董事的比例以及权重，完善双层股权结构公司内部监督机制，从而强化对普通股东的权益保护。四是强化交易所监管职能，以保证外部市场发挥监督管理的积极作用。五是完善配套救济机制，如：完善我国代表人诉讼制度，引入律师风险代理费机制等。基于此，从公司治理、上市公司监管等视角进行综合性制度安排，方能实现针对双层股权结构公司普通股东权益有效保护的目标，这也必将对我国公司及金融实务制度的完善发展产生一定积极意义。