该研究应用Monte Carlo方法模拟一个多品种群体的遗传过程,研究分为两个部分,第一部分是多品种群体标记辅助选择(MMAS)影响因素和杂种信息的利用;第二部分是上位效应的研究和利用.以三元配套系生产为模型,假定有三个纯系品种(A,B,C)、一个二元杂种(BC)和三元杂种(ABC)构成的多品种群体.影响因素考虑了分离方差、标记间距、遗传力、QTL效应值和群体规模.基础群群体规模有两个水平:分别为230和460;其中品种A和B均为10(20)公、50(100)母,品种C为10(20)公、100(200)母,交配比例1:5,每个母畜产生的后代数分别为10和5.选择性状受到位于常染色体上的1个QTL和多基因共同影响,在QTL两侧分别有2个标记座位,其中QTL位于2、3标记座位的中间.所有个体均有完整的标记信息和表型信息,除基础群体外,还具有完整的系谱信息.在一个封闭的多品种群体内根据单性状连续选择8-10个世代,重复30次.第一部分研究表明:(1)分离方差和标记间距对MMAS的影响有限,当QTL贡献率大时,标记间距会影响MMAS;(2)群体规模对MMAS有重要的影响,总的来说,选择强度大,全同胞数多的群体规模,MMAS的效果要好一些;(3)遗传力同样是一个重要的因素,遗传力高累积遗传进展大,每世代遗传进展变化较为明显,早期每世代遗传进展快;(4)QTL贡献率对MMAS的影响不一致,受到其它因素的影响.(5)杂种信息的利用可以提高纯种群体的遗传进展,特别是对二元杂种进行遗传评定,选择育种值高的二元杂种母畜作为杂交母本,能够大大的提高三元杂种的育种值.第二部分上位效应的研究和利用.模拟实验的群体结构和选择方法与第一部分相同,但是遗传模型是不同的,(1)假定存在3个QTL,对于纯种群体而言,3个QTL只有1个表达有加性效应值,而另外两个沉默不表达没有加性效应值,且QTL间不存在上位效应;对于杂种群体,只有来自亲本有加性效应的QTL等位基因才产生加性效应,而在亲本没有加性效应的QTL等位基因,在杂种仍然没有加性效应,只与其它QTL相互作用产生上位效应.(2)假定多品种群体所有个体都受到QTL与遗传背景间上位效应的影响,上位效应等于QTL基因型值与多基因效应的乘积.模拟研究结果表明,当上位效应是QTL间产生的,在适当标记辅助选择条件下,可以很快地提高三元杂种的上位效应.QTL间不同上位效应影响上位效应累积遗传进展,在不同的参数组合条件下,上位效应作用方式对上位效应累积遗传进展影响排序是:单隐性>双隐性>显隐性>单显性>双显性.比较发现对上位效应遗传进展影响最大的是QTL效应,其次是遗传力,最后是群体规模.当QTL与遗传背景存在上位效应,通过标记辅助选择在适当的条件下,纯种群体和三元杂种同样可以获得一个比较理想的上位效应累积遗传进展.