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本文应用叶绿体微卫星(cpSSR)技术对凉水国家自然保护区的天然红松居群的218个个体，10个龄级的遗传多样性变化和遗传分化进行了分析。从6对叶绿体SSR引物筛选出两对引物，共检测到多态位点8个，多态位点比率为70.90％。红松各龄级内平均基因多样性Nei指数中，第10龄级最低(0.0450)，第1龄级最高(0.4147)。红松龄级内基因多样性为0.1354，种群基因多样性为0.1452，龄级间基因多样性为0.0099，各龄级间的遗传分化系数为0.065。本研究结果证实，凉水保护区内的红松遗传多样性在近100年的时间内出现过两次波动，目前该地区的红松遗传多样性正处于很低的阶段。这与人类生产活动的干扰有紧密关系。