本研究使用形态学标记(传统可量数据和框架结构数据)、线粒体分子标记(线粒体D-Loop基因、Cyt-b基因)和细胞核分子标记(微卫星SSR标记)对珠江流域野生翘嘴鲌(Culter Alburnus)、大眼近红鲌(Ancherythroculter lini Luo)和大眼华鳊(Sinibrama macrops)进行遗传结构和遗传多样性的分析和评价。形态学标记结果显示:1)浔江、桂江、融江、郁江、左江、右江、北江和西江8个江段翘嘴鲌群体(176尾)以尾部(传统)和躯干(框架)为主要差异。在聚类分析中,左江和右江群体的关系较近,与其所处的地理分布相关联。2)桂江、都柳江、融江、郁江和北江5个江段大眼华鳊群体(148尾)主要以体重-体高关系(传统)和躯干(框架)来区分不同群体的形态差异,且右江群体在体重、体高、尾柄长和尾柄高等多个形态比例都大于其他群体,且差异显著(p<0.05)。在聚类分析中,郁江群体和其他群体距离较远。3)桂江、融江、右江和北江4个江段大眼近红鲌群体(82尾)主要以头部(传统)和躯干(框架)为形态差异,且北江群体大眼近红鲌群体的眼径、体高和尾柄高等形态比例都小于其他群体,且差异显著(p<0.05)。在聚类分析中,桂江群体和右江群体聚为一支,融江群体和北江群体聚为一支。线粒体分子标记结果显示:1)珠江流域翘嘴鲌整体表现为高单倍型多样性(Hd=0.87506/0.87357)和高核苷酸多样性(π=0.00700/0.0089)的特征,但不同江段群体的遗传多样性不同。通过遗传分化研究(AMOVA和FST),珠江流域翘嘴鲌整体并未产生明显的分化(FST=0.1883/0.21929),只有桂江群体和右江群体与其他的群体产生遗传分化(p<0.05)。遗传距离结果显示不同江段群体之间的亲缘关系较近(D<0.005),单倍型系统发生树和网络进化关系图中没有明确的地理分布差异。2)珠江流域大眼华鳊整体属于高遗传多样性群体(Hd=0.70301/0.71456,π=0.00878/0.01569),但北江群体的遗传多样性较低(Hd=0.57143/0.95238,π=0.00001/0.00177)。通过遗传分化研究发现,珠江流域大眼华鳊的整体遗传分化属于中度遗传分化(FST=0.42144/0.58279),只有北江群体与其他群体产生较大的遗传分化(FST>0.8,p<0.05),遗传距离也显示了北江群体和其他群体较远的亲缘关系(D>0.05)。线粒体单倍型系统发生树和网络进化图也显示出北江群体的单倍型单独聚为一支。3)珠江流域大眼近红鲌整体表现为高遗传多样性群体(Hd=0.91600/0.847,π=0.00693/0.00569),但不同江段群体的多样性不同。通过遗传分化研究,珠江流域大眼近红鲌整体遗传分化程度不大(FST=0.16594/0.16844),只有北江群体与其他群体的分化程度较大(FST>0.3,p<0.05)。遗传距离看出北江群体与其他群体的亲缘关系也较远(D>0.05)。线粒体单倍型系统发生树和网络进化图也显示了北江群体与其他群体的距离较大。微卫星分子标记结果显示:1)20对微卫星引物的多态信息含量(PIC)和期望杂合度He分别为0.7517和0.7803,说明珠江流域翘嘴鲌群体具有较高的遗传多样性。分子变异结果表明,翘嘴鲌的总近交系数(Fit)和群体内近交系数(Fis)分别为0.62和0.59,高于遗传分化系数(FST=0.06),说明整体分化程度不高。不同江段群体之间的微卫星遗传分化结果与线粒体结果相似,其中右江群体、桂江群体外,郁江群体和浔江群体与其他群体产生较高的分化。微卫星的聚类分析图中左江群体和右江群体聚为一支,该结果与形态学分类一致。2)18对微卫星引物的多态信息含量(PIC)和期望杂合度(He)分别为0.8129和0.8327,说明珠江流域大眼华鳊群体具有较高的遗传多样性。大眼华鳊的总近交系数(Fit)和群体内近交系数(Fis)分别为0.45和0.43,高于遗传分化系数(FST=0.029),说明整体分化程度不高。北江群体与其他群体的遗传分化程度较高,遗传距离也显示了相同的结果。在聚类图中,北江群体与其他的群体的关系较远。3)20对微卫星引物的多态信息含量(PIC)和期望杂合度(He)分别为0.7598和0.7765,说明了珠江流域野生大眼近红鲌具有较高的遗传多样性。遗传分化研究中,发现北江群体和右江群体与其他群体的遗传分化程度较高,该结果与线粒体分析一致。聚类分析中的北江群体与其他群体关系较远。