稀有白甲鱼是隶属于鲤形目、鲤科、鲃亚科、白甲鱼属的一种野生经济鱼类,仅分布于我国长江中游沅江水系和西江水系。目前稀有白甲鱼野生资源正濒临枯竭,现已被《中国物种红色名录》列为濒危鱼类。而有关稀有白甲鱼的研究仅限于地理分布、年龄特征、生长特性及资源现状等,就其遗传多样性研究迄今尚未见报道。线粒体DNA(mtDNA)是分子生物学研究的一个热门领域,已经被广泛地应用于鱼类进化生物学和群体遗传学研究。本实验首次采用mtDNA分子标记方法对稀有白甲鱼遗传多样性进行研究。通过对分布于贵州境内长江水系清水江的30尾稀有白甲鱼mtDNA D-loop 3’端共计478bp的碱基序列进行了测定分析,共发现25个多态位点。其中23个为转换位点(A-G,C-T),2个为转换与颠换同时存在的位点。30个个体分属18种单倍型。稀有白甲鱼mtDNA核苷酸多样性(π)为0.0107,平均核苷酸差异数(K)为5.092。单倍型多样度(H)为0.940,单倍型间平均遗传距离(P)为0.014。用单倍型间遗传距离构建的NJ系统树和UPGMA系统树均由2个支系组成。表明清水江稀有白甲鱼种群mtDNA多样性丰富。