生物土壤结皮是干旱半干旱地区独特的微自然景观，它是由蓝细菌、绿藻类、地衣、苔藓、小型真菌和其它细菌所形成的一种复杂的嵌合体，在荒漠生态系统中发挥在重要的生态功能。本文通过对毛乌素沙地和浑善达克沙地生物土壤结皮古生菌和真菌生物多样性进行研究，以期提揭示生物土壤结皮古生菌和真菌的时空尺度变化特征和规律，同时也作为对世界范围生物土壤结皮研究的重要补充。　　本文共构建了3个古生菌文库和3个真菌文库，分别对应毛乌素沙地09年8月份、浑善达克沙地09年8月份和08年11月份三个样品。3个古生菌文库组成较单一，都为泉古菌门热变形菌纲这一类群；通过系统发育树表明这些古生菌共划分为7个类群，并且它们组成和比例随时间和地点变化浮动很小，这与国外研究相吻合。通过对真菌文库的研究发现，真菌多样性明显高于古生菌。这些真菌分别属于子囊菌门和担子菌门这两大类。子囊菌不仅在数量上多于担子菌，而且种类也较担子菌更为丰富。子囊菌从属7个纲的13个目，而担子菌仅可为4个纲的6个目。子囊菌分别是粪壳菌纲的肉座菌目、粪壳菌目和Coniochaetales目，散囊菌纲散囊菌目，刺盾炱纲的瓶口衣目和刺盾炱目，座囊菌纲的煤炱目、cryomyces、座囊菌目和格孢腔目，茶渍纲 Agyriales目，盘菌纲盘菌目和圆盘菌纲圆盘菌目。担子菌分别是银耳纲的银耳目和线黑粉菌目，丝孢纲无孢目，马拉色菌纲马拉色菌目，伞菌纲革菌目和多孔菌目。三个真菌文库之间真菌组成和优势种群都不相同，表明生物土壤结皮真菌组成随着地理位置和季节的改变而体现出不同的多样性。较北美生物土壤结皮真菌组成更为多样复杂，体现出其独特的特点。