目的：我国西北广大农牧区是包虫病的主要流行区，包虫病临床治愈较为困难，已成为影响我国西部地区农牧民身体健康和制约牧区经济发展的一个重要原因之一。因此，包虫病的免疫预防成为当前研究的热点，但在不同的地理环境和宿主中，细粒棘球绦虫存在着实质性的基因遗传差异，株间发育(如虫卵发生)差异将影响对治疗药物的敏感性，抗原变异也可影响对人体包虫病的准确监测以及免疫预防，因此本研究对新疆细粒棘球绦虫基因多态性开展研究、为分子生物学及血清学实验诊断方法研究与包虫病的流行防治提供实验依据。　　 方法：探讨新疆不同地区不同宿主来源的细粒棘球绦虫株系间基因序列差异，确定其基因型别和地理分布，利用网络Genbank 进行生物信息学分析不同分类水平上的细粒棘球绦虫类群之间的系统发育、进化机制和种群遗传变异及分化，指导临床治疗与预防包虫病。采用DNA测序法对细粒棘球绦虫mtDNACO1基因片段进行序列分析，明确检测到的细粒棘球绦虫的基因型及其株内遗传变异，采用Dnaman软件进行序列比对和构建系统发育进化树。　　 结果：测定的新疆细粒棘球绦虫CO1基因片段长度为789bP，通过对新疆31例细粒棘球绦虫分离株标本(取自被感染羊)CO1基因序列分析，发现新疆地区羊株主要为细粒棘球绦虫Gl基因型并证明新疆羊株的主要流行株为Gl型。。检测到了16个新疆细粒棘球绦虫基因单倍体序列，并进行同源性比较分析，发现变异碱基对，证明新疆细粒棘球绦虫基因序列存在多态性。单倍体序列之间差异性为99.2%-100%。其中12个基因单倍体在Genbank找到相同变异序列，4个基因单倍体未发现相同变异，是新发现的基因单倍体。　　 结论：新疆地区感染羊的细粒棘球绦虫基因型主要是Gl型并证实新疆感染羊的细粒棘球绦虫主要流行株为Gl型。新疆细粒棘球绦虫存在变异证明新疆细粒棘球绦虫基因序列具有多态性，并发现4个新的Gl型基因序列。