亲子鉴定因判断血缘关系而广为人知,然而亲子鉴定结果往往涉及未成年人的身份确认、财产继承、抚养关系认定等,直接影响未成年人的隐私权、人格权,财产利益及物质生活条件、身份关系利益。现我国对亲子鉴定的规制主要涉及相关鉴定技术,目的在于保证鉴定程序的公正和鉴定结果的科学性,而忽视了对未成年人的权益保护。近年来,许多父母为解决生育问题而采用人工辅助技术生育,而由此出生的部分未成年人面临着生物学关系与社会学关系分离的问题。通过常规的亲子鉴定程序无法确认未成年人与“父母”之间血缘关系,反而会影响未成年人的身份权、财产权及亲权等合法权益。本文通过对1千余件亲子鉴定案件所涉及的未成年人案件数量以及未成年人案件否定量的统计,从而发现,在亲子鉴定中未成年人的利益保护亟不可待。而现有的有关亲子鉴定和未成年人保护的法律制度,均未重视亲子鉴定领域中的未成年人保护问题,尤其对于采用人工辅助技术出生的子女而言,其权利保护仍然是法律空白。为构建以保护未成年人利益优先的亲子鉴定体系,本文对英美法系和大陆法系的有关法律规定和措施予以比较分析发现,与我国现实情况不同的是,“子女最佳利益原则”是大部分国家针对亲子关系纠纷和亲子鉴定时所通用的原则,强调法院在审理有关案件时,应当主动考虑子女的意愿、现有的家庭情况和子女与现有家庭的情感深度,是否对子女的成长不利等因素。综合衡量这些因素后,法院有权决定对亲子鉴定结果予以适用。然而我国法院在审理与亲子鉴定的有关纠纷时,法院对子女利益衡量的深度和权利的保护远不及英美法系和大陆法系的国家。因而,有必要将“子女最佳利益原则”引入我国,并且将其具体运用到司法鉴定程序之中。确立以当事人申请为主,法院依职权启动为辅的原则性规定,提出鉴定申请的当事人限制于被鉴定人的直系亲属之内,且须向法院提交必要的证据或者材料。法院对必要的证据或者材料进行审查后,还需尊重达到一定年龄的未成年人的意愿,考虑未成年人现有的家庭情感关系,综合衡量后决定是否启动亲子鉴定程序。对于鉴定意见证据的适用,法院应以谨慎的态度和保护未成年人利益优先的理念决定。若未成年人不愿知悉其父母,而现有父母愿意继续抚养该未成年人的,或者鉴定意见的适用对未成年人合法权益的保护不利,法院可选择不适用该鉴定意见证据。法院在适用个人委托的鉴定意见时,其证明力应该分情况进行讨论,不能一味认可或者否定。针对实践中的送检样本、不提供身份信息等“秘密鉴定”现象,有必要加强管控。这就需要完善个人委托程序。基于行政机关的要求而需要鉴定的,行政机关应向当事人出具说明书,以证明鉴定之目的。因个人需要而做鉴定的,尽可能由双方当事人向鉴定中心提出申请,现场采样,因特殊原因而送检样本的,需注明检材来源并且由鉴定机构对检材来源进行核查,否则鉴定意见无效。采用人工辅助技术出生的未成年人,在亲子鉴定领域需设置特别规则以加强对这类特殊未成年人的保护。原则上申请鉴定的主体不包含同意人工受孕的父母及家庭成员、精子与卵子提供者及其家庭成员,以及代孕母亲,基于特殊原因为例外。在鉴定程序中,一方提出相关异议并且提交相关材料的,应终止鉴定程序。