小流域水土流失治理资金，是以小流域为单元的水土流失治理活动中，水土保持措施建设、经营管理所使用的资金。水土保持措施具有私人物品和公共物品的双重属性，这为形成多元化、多层次的投资主体及投资途径奠定了理论基础。水土保持措施的公共物品属性和水土流失治理的外部经济性以及资金运行周转时间长，资金回流难于实现的特点，对强调发挥政府在水土流失治理资金运行中的主导作用提供了理论依据。通过小流域水土流失治理资金运行现状分析，诊断出资金运行中存在的主要问题：资金规模不足，依然是加速水土流失治理的制约因素；资金多口投放，使用分散，难于形成合力；年运营资金缺失，造成水保措施年久失修严重，影响投资效益的正常发挥；资金管理粗放，程序不规范，财务混乱，浪费严重等。小流域水土流失治理资金一个运行周期，是从投资主体将资金投向具体治理小流域开始的，而后资金分流为一次性投入资金和年运营资金，一次性投入资金用于水土保持三大措施的建设；年运营资金用于建成的水土保持措施多年的经营管理。建成的水土保持措施及经营管理所发挥的生态效益、社会效益和经济效益，就是一次性投入资金和年运营资金投入产出的结果。三大效益的实现是资金运行一个周期的终点。水土流失治理的生态公益性决定了投资的目的不仅追求经济效益，实现资金的回流与增值，而且追求生态效益和社会效益。根据投资主体、经营主体、经营对象及治理效益等不同，总结出4种主要小流域水土流失治理资金运行形式。面对小流域水土流失治理资金运行现状及存在的问题，构建出以下资金运行保障机制：以法律形式确保水土流失治理资金纳入中央和地方财政预算内投资机制；以市场为手段，国补资金为引子，吸引社会各方投资机制；推行BOT方式，吸引外资机制。以县为单位的小流域水土流失治理资金捆绑使用机制。资金运行管理实行报账制及分期付款相结合的管理机制。