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假病毒检测技术在病毒疫苗评价及抗病毒药物研究中应用广泛，其中最具代表性的是HPV及HIV的假病毒检测技术，但现有技术还存在许多缺陷，特别是检测通量较低，难以应用于大规模的疫苗临床评价和血清流行病学调查，而且对于HIV耐药分析中的弱势株检出率较低。本研究基于上述问题，建立了两种高通量的HPV假病毒检测技术和一种HIV假病毒检测技术，并在中和抗体及耐药性检测方面进行了应用。通过报告基因筛选及引入新的结果判读技术，建立了两种高通量HPV中和抗体评价方法，并对影响检测的各种因素进行了优化和验证。利用建立的方法检测50份疫苗免疫血清样本，发现HPV疫苗免疫产生的高滴度中和抗体对亲缘关系较近型别的病毒具有一定的交叉保护作用；在对HPV自然感染人群样本检测中发现，相同亚属病毒的中和抗体有共同出现的趋势，出现该趋势的原因不是抗体的交叉保护，而是不同型别病毒先后感染相同个体引起的。中和抗体检测结果与细胞学检测HSIL+之间无明显的相关性。通过HIV-1骨架载体改造，提高了假病毒构建效率和耐药性检测效率。在耐药性样本检测中，发现了与蛋白酶抑制剂NFV相关的两个耐药性突变位点K20R和I72M，与核苷类逆转录酶抑制剂AZT相关的两个耐药性位点T69I和F130S。在b12中和抗体表位分析中，发现了病毒膜蛋白上三个影响中和抗体b12敏感性的氨基酸位点，分别为V2区的V182L，C2区的N276S，C3区的R346S。本研究中建立的三种方法，极大地提高了检测通量，能基本满足现有的检测需求，在HPV临床样本检测、HIV耐药性分析及HIV中和抗体表位分析等方面具有较好的应用前景。